Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BX571857 | 2,691,066 | G→T | 54.7% | intergenic (‑871/+553) | SAS2507 ← / ← SAS2508 | putative glutathione peroxidase/putative membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BX571857 | 2,691,066 | 0 | G | T | 54.7% | 5.9 / 170.6 | 86 | intergenic (‑871/+553) | SAS2507/SAS2508 | putative glutathione peroxidase/putative membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/16); new base T (35/12); total (58/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.02e-01 |
ATTATTTTTCTTATTGATATTTCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAGACTGAATTATGACAATT > BX571857/2690974‑2691157 | attattTTTCTTATTGATATTTCTATTCATATATTTCTGTTTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGattt > 2:2059336/1‑94 (MQ=255) attattTTTCTTATTGATATTTCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTc > 1:1203673/1‑97 (MQ=255) attattTTTCTTATTGATATTTCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTc > 1:1203837/1‑97 (MQ=255) attattTTTCTTATTGATATTTCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTc > 2:2059341/1‑97 (MQ=255) attTTTCTTATTGATATTTCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATc > 1:2416288/1‑97 (MQ=255) cTTATTGATATTTCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTc > 1:2757301/1‑97 (MQ=255) gATATTTCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATc > 1:740892/1‑97 (MQ=255) tttCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTaaa < 1:717274/97‑1 (MQ=255) ttCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAAt > 1:1660892/1‑97 (MQ=255) tCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATg > 2:2984352/1‑97 (MQ=255) tCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATg > 2:1556600/1‑97 (MQ=255) cTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGa < 1:506078/97‑1 (MQ=255) tATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGac > 2:640893/1‑97 (MQ=255) ttCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGacac > 2:64345/1‑97 (MQ=255) ttCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGacac > 1:40971/1‑97 (MQ=255) tCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTTAATATCTAAATGACACg > 2:869923/1‑97 (MQ=255) tCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACg > 1:716850/1‑97 (MQ=255) tCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACg > 1:1779545/1‑97 (MQ=255) cATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGa > 1:1296691/1‑97 (MQ=255) cATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGa > 2:2588393/1‑97 (MQ=255) tatatTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATg < 2:2808162/97‑1 (MQ=255) atatTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGc > 2:273690/1‑97 (MQ=255) 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tCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATAAATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGAt > 1:1246413/1‑97 (MQ=255) aTTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGAttttt > 1:794027/1‑97 (MQ=255) tGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGa > 1:2735511/1‑97 (MQ=255) tGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGa < 2:2294114/97‑1 (MQ=255) tGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGa < 2:2294050/97‑1 (MQ=255) gTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGaa > 2:2428267/1‑97 (MQ=255) gTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGaa < 1:2285487/97‑1 (MQ=255) atTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACATATACTACTCAAATTTTTAAATATTTAAAAACAACGATGAGTAATTTTTTAAtctt > 2:2056245/1‑97 (MQ=255) tttAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTg > 2:580508/1‑97 (MQ=255) ttAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGt > 1:2165191/1‑97 (MQ=255) tAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTa > 1:573884/1‑97 (MQ=255) aGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTaa > 1:151408/1‑97 (MQ=255) atatAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAAtt > 2:1419376/1‑97 (MQ=255) atatAATAATTTGTTAATCAAAAATATATCAAACAAATAAGTCTGATCTTTTTCCTTATATAAATGAAACGACGCACGTTTTTAGAACTTTGTCAtc < 2:1734140/97‑2 (MQ=255) tataATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTa > 1:2091491/1‑97 (MQ=255) ataataATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTaa < 1:967099/97‑1 (MQ=255) ataataATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTaa < 1:2088830/97‑1 (MQ=255) ataataATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTaa < 1:1570120/97‑1 (MQ=255) aataatTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCTATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTATTTAACt > 1:1307825/1‑97 (MQ=255) aataatTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACt > 2:2011448/1‑97 (MQ=255) ataatTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACtt > 2:671628/1‑97 (MQ=255) ataatTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTTTTTATTTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACtt > 2:2753500/1‑97 (MQ=255) atTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCt > 2:2285236/1‑97 (MQ=255) atTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCt > 1:2549697/1‑97 (MQ=255) atTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCt > 1:2665120/1‑97 (MQ=255) atTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCt < 1:1002195/97‑1 (MQ=255) tttGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCCTCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCtt < 2:1432874/97‑1 (MQ=255) tttGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCtt < 1:1323137/97‑1 (MQ=255) ttGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCttt > 2:2749332/1‑97 (MQ=255) tGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCtttt > 2:117694/1‑97 (MQ=255) ggTTATTGGACAATGTATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATGTCTACATGACATGAAGCATGATTTTTACATTCTGTATTTAACTTCAttat > 2:2354351/2‑95 (MQ=255) gTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTa < 1:1956468/97‑1 (MQ=255) ttATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTaa < 1:175376/97‑1 (MQ=255) aTTGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAAt > 1:1300402/1‑97 (MQ=255) tGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTa > 2:146549/1‑97 (MQ=255) tGGAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTa < 1:1869889/97‑1 (MQ=255) tGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTa < 2:1165198/97‑1 (MQ=255) ggAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAg > 1:750580/1‑97 (MQ=255) ggAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAg > 1:2139726/1‑97 (MQ=255) ggAAAATATATGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAg > 1:2055235/1‑97 (MQ=255) 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tatatGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAGACTGaa > 1:1967216/1‑97 (MQ=255) tatGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAGACTGAAtt > 1:1248040/1‑97 (MQ=255) tatGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAGACTGAAtt < 2:1049260/97‑1 (MQ=255) tGAAACAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAGACTGAATTAt < 2:1158010/97‑1 (MQ=255) aCAAATTTTACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAGACTGAATTATGACa < 2:1814795/97‑1 (MQ=255) aCAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAGACTGAATTATGACa > 2:1373211/1‑97 (MQ=255) cAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAGACTGAATTATGACaa < 1:1144072/97‑1 (MQ=255) aaTTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAGACTGAATTATGACAAtt > 1:1938136/1‑97 (MQ=255) | ATTATTTTTCTTATTGATATTTCTATTCATATATTTCTGATTGTATATTTAGATATAATAATTTGTTATTGGAAAATATATGAAACAAATTTGACTCATCTTTTTCAATATCTAAATGACACGATGCATGATTTTTGAATTTTGTAATTAACTTCCTTTTAAATTAGACTGAATTATGACAATT > BX571857/2690974‑2691157 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |