| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 605,157 | T→C | 5.3% | D1007D (GAT→GAC) | SAS0521 → | bone sialoprotein‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 605,157 | 0 | T | C | 5.3% | 793.2 / 3.1 | 221 | D1007D (GAT→GAC) | SAS0521 | bone sialoprotein‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (97/106); new base C (11/5); total (109/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TCAGACTCAGATAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGACTCAGAC > BX571857/605062‑605253 | tcagactcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGAtt > 1:1047407/1‑97 (MQ=255)tcagactcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGAtt > 2:2076639/1‑97 (MQ=255) agactcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactcagactca > 2:1081567/1‑97 (MQ=255) agactcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCa < 2:487875/97‑1 (MQ=255) agactcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCa > 1:1413247/1‑97 (MQ=255) gactcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAg < 2:2593981/97‑1 (MQ=255) actcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGa < 1:252640/97‑1 (MQ=255) tcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACa < 2:740038/97‑1 (MQ=255) agaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGc > 1:98885/1‑97 (MQ=255) gaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGCCTCAGATTCAGACAGCg < 2:1681432/97‑1 (MQ=255) gaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCg < 2:2940142/97‑1 (MQ=40) aTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGa < 1:1021470/97‑1 (MQ=255) aTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGa < 1:278009/97‑1 (MQ=40) tAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGAt > 2:2177606/1‑97 (MQ=40) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |