| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 875,238 | A→T | 15.8% | D229V (GAC→GTC) | SAS0792 → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 875,238 | 0 | A | T | 15.8% | 683.7 / 113.6 | 197 | D229V (GAC→GTC) | SAS0792 | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (84/79); new base T (15/16); total (101/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
GACGTAATCATTACGGTTGGACTAAGAAAGATATGTCAGATCAAGAATGGCGCGATGTACGCTATTTATATGATTATAATGAGCAAGAATTAATAGACTTGGCACAAAAGGCACAAATATTAGCACAAAAAGCTAAGAAAGTTTACGTCATATTTAACAATAATTCTGGTGGTCATGCAGCAAATAATGCCAA > BX571857/875142‑875334 | tCATTACGGTTGGACTAAGAAAGATATGTCAGATCAAGAATGGCGCGATGTACGCTATTTATATGATTATAATGAGCAAGAATTAATAGACTTGGca > 1:1337946/1‑97 (MQ=255) tACGGTTGGACTAAGAAAGATATGTCAGATCAAGAATGGCGCGATGTACGCTATTTATATGATTATAATGAGCAAGAATTAATAGTCTTGGCACaaa > 1:2729051/1‑97 (MQ=255) aCGGTTGGACTAAGAAAGATATGTCAGATCAAGAATGGCGCGATGTACGCTATTTATATGATTATAATGAGCAAGAATTAATAGACTTGGCACaaaa > 2:1979822/1‑97 (MQ=255) aCGGTTGGACTAAGAAAGATATGTCAGATCAAGAATGGCGCGATGTACGCTATTTATATGATTATAATGAGCAAGAATTAATAGACTTGGCACaaaa < 2:939692/97‑1 (MQ=255) aCGGTTGGACTAAGAAAGATATGTCAGATCAAGAATGGCGCGATGTACGCTATTTATATGATTATAATGAGCAAGAATTAATAGACTTGGCACaaaa > 2:708693/1‑97 (MQ=255) aCGGTTGGACTAAGAAAGATATGTCAGATCAAGAATGGCGCGATGTACGCTATTTATATGATTATAATGAGCAAGAATTAATAGACTTGGCACaaaa < 2:83016/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |