| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 21 (0.140) | 17/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571857/981119‑980997‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcattatgacacattaacacctaatGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTGT < BX571857/1025750‑1025656 TTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTA > 1:2061541/1‑97 TTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTA > 1:2000121/1‑97 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT > 2:731798/1‑97 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT < 2:3427151/97‑1 TATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTAT > 2:1907811/1‑97 ATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATC < 1:988283/97‑1 ATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATC < 1:988246/97‑1 TATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCA > 1:3597711/1‑97 TATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCA < 2:1894481/97‑1 ATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCAT < 1:3267397/97‑1 TACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATT < 2:1283790/97‑1 TACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATT < 1:2423790/97‑1 TACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATT > 1:761101/1‑97 AAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGA > 2:2812255/1‑97 AAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGAC > 1:872717/1‑97 AATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACA < 1:1209549/97‑1 agCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACAC < 2:2498315/95‑1 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACAC < 2:3459320/97‑1 ATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACAC < 1:235019/97‑1 gCCATCTGCCCTTTCTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA > 2:1827202/2‑97 TCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA > 1:594691/1‑97 TCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA < 1:1701340/97‑1 TCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACA > 1:2916797/1‑97 CCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACTTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACAT > 2:437286/1‑97 CCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACAT > 1:1659556/1‑97 CCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACAT > 2:2528152/1‑97 TCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAA < 2:223635/97‑1 TCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAA < 2:3130855/97‑1 TCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAA > 1:2049542/1‑97 TCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAA > 1:2049564/1‑97 TCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAA > 1:2241292/1‑97 CTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAAC > 2:3165846/1‑97 TGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA > 2:552571/1‑97 TGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACA < 2:3263712/97‑1 GCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACAC < 2:2779989/97‑1 GCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACAC < 1:565901/97‑1 CTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTA < 2:1071537/97‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA < 2:160532/97‑1 TTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAA > 2:2199411/1‑97 TTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT > 2:21297/1‑97 TTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT < 2:3666538/97‑1 GCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAA < 2:713808/97‑1 TTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCA < 1:38131/97‑1 ACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGT > 2:1729331/1‑97 ACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGT > 2:1269975/1‑97 CACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTA < 1:2854909/97‑1 ACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTAC > 1:2244349/1‑97 TTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACG < 2:1208074/97‑1 CACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTT > 1:2165594/1‑97 CTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACTCCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAA < 2:2833258/97‑1 TGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAA > 1:117234/1‑97 AAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGC < 1:1635057/97‑1 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ACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAAT > 1:280783/1‑97 ACACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAAT > 2:784545/1‑97 CACATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATA < 1:160416/97‑1 CATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATT > 2:1713728/1‑97 CATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTCTAAATATT > 2:2385589/1‑97 ATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTT < 2:1590130/97‑1 ATTAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTT < 1:523034/97‑1 TAACACCTAATGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTC > 1:3296404/1‑97 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CTTATATACTAAAATCCATCTGCCCTTTTTATGCCCTTTTTTACCTTGCAACACATTCTGAACACCTTGAAAACACTGTAATTAAGGCGTTATCTGTATCATTATGACACATTAACACCTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571857/981119‑980997‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcattatgacacattaacacctaatGGTAAAACGGCCATTCTCAAACGTACACGAACGTTTAAAAACGCTGTAATATCAAAGTTTTTATCACTTTAACTTTAAATATTTTCCACTCGTGT < BX571857/1025750‑1025656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |