| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,682,764 | G→C | 81.1% | S18* (TCA→TGA) | SAS2502 ← | putative anaerobic ribonucleotide reductase activating protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,682,764 | 0 | G | C | 81.1% | 991.9 / 233.5 | 317 | S18* (TCA→TGA) | SAS2502 | putative anaerobic ribonucleotide reductase activating protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/33); new base C (122/135); total (149/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TTTTGTGAGGCTTTGTTATAACATCCAACACAATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTGATTCTATTTTAGCAATATAACCTTGTCCTTGTTTAATGTCTAAAAGTGTCATTCTTTAGGCGCTTTCATATGTTTTACTCGTGCGCAAATTTCTTT > BX571857/2682668‑2682860 | ttttGTGAGGCTTTGTTATAACATCCAACACAATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTg > 2:1237263/1‑97 (MQ=255) tgtgAGGCTTTGTTATAACATCCAACACAATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCAtt < 2:1853822/97‑1 (MQ=255) aGGCTTTGTTATAACATCCAACACAATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTGATTCTAt < 2:1162127/97‑1 (MQ=255) aGGCTTTGTTATAACATCCAACACAATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCATTCTAt < 2:2852871/97‑1 (MQ=255) aGGCTTTGTTATAACATCCAACACAATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCATTCTAt > 1:1887204/1‑97 (MQ=255) ggCTTTGTTATAACATCCAACACAATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTGATTCTAtt > 2:1387714/1‑97 (MQ=255) 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acaATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCATTCTATTTTAGCAATATAAccttgtcct > 1:2811675/1‑97 (MQ=255) acaATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCATTCTATTTTAGCAATATAAccttgtcct > 1:11301/1‑97 (MQ=255) caATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCATTCTATTTTAGCAATATAAccttgtcctt > 1:2669357/1‑97 (MQ=255) caATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCATTCTATTTTAGCAATATAAccttgtcctt < 1:3020189/97‑1 (MQ=255) caATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCATTCTATTTTAGCAATATAAccttgtcctt < 2:1099492/97‑1 (MQ=255) caATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCATTCTATTTTAGCAATATAAccttgtcctt > 1:446545/1‑97 (MQ=255) caATTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCATTCTATTTTAGCAATATAAccttgtcctt > 2:2181144/1‑97 (MQ=255) aaTTAAATGGACATCCTGATACATAAACACTGCATCTTACTCCTTCACCGTCAACAAAGCTATTTCATTCTATTTTAGCAATATAAccttgtccttg < 2:2720935/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |