Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BX571857 | 1,252,438 | T→C | 100% | intergenic (+358/‑77) | SAS1171 → / → SAS1172 | signal recognition particle protein/30S ribosomal protein S16 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BX571857 | 1,252,438 | 0 | T | C | 100.0% | 849.6 / ‑6.5 | 192 | intergenic (+358/‑77) | SAS1171/SAS1172 | signal recognition particle protein/30S ribosomal protein S16 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (101/90); minor base A (0/1); total (101/91) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
TTTATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTATAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAATTAAAACATGACTTAAAGGAGATTTTATAAATGGCAGTTAAAATTCG > BX571857/1252344‑1252531 | tttATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACaa > 2:2527697/1‑97 (MQ=255) ttATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACaaa > 1:2853586/1‑97 (MQ=255) ttATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACaaa > 1:1674060/1‑97 (MQ=255) ataACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACa < 2:1742578/97‑1 (MQ=255) ataACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACa < 2:2464598/97‑1 (MQ=255) ataACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACa < 2:258719/97‑1 (MQ=255) 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tattatTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATa > 2:238945/1‑97 (MQ=255) attattGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATaa > 1:840347/1‑97 (MQ=255) tattGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATaaaa < 1:1516558/97‑1 (MQ=255) attGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATaaaaa > 1:2730351/1‑97 (MQ=255) attGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATaaaaa > 1:2444354/1‑97 (MQ=255) attGGAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATaaaaa < 1:1983567/97‑1 (MQ=255) ttGTAAGAAAAAGATTCAATAATCTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTAAAAACATTCATACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAAt < 1:985241/97‑1 (MQ=255) tGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAAtt > 2:908527/1‑97 (MQ=255) 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tctTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAATTAAAACATGACTTAAAGGAGAATTTATAAATGGCAGTTAAAAt > 1:1116233/1‑97 (MQ=255) ctTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAATTAAAACATGACTTAAAGGAGATTTTATAAATGGCAGTTAAAAtt > 1:454022/1‑97 (MQ=255) ctTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAATTAAAACATGACTTAAAGGAGATTTTATAAATGGCAGTTAAAAtt > 2:24177/1‑97 (MQ=255) tttACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAATTAAAACATGACTTAAAGGAGATTTTATAAATGGCAGTTAAAATTc > 2:1170958/1‑97 (MQ=255) tttACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAATTAAAACATGACTTAAAGGAGATTTTATAAATGGCAGTTAAAATTc < 1:214022/97‑1 (MQ=255) ttACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAATTAAAACATGACTTAAAGGAGATTTTATAAATGGCAGTTAAAATTCg < 2:1487902/97‑1 (MQ=255) | TTTATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTATAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAATTAAAACATGACTTAAAGGAGATTTTATAAATGGCAGTTAAAATTCG > BX571857/1252344‑1252531 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |