| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,477,356 | G→A | 6.8% | pseudogene (19605/21246 nt) | ebh ← | very large surface anchored protein (pseudogene) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,477,356 | 0 | G | A | 6.8% | 1013.5 / 50.4 | 264 | pseudogene (19605/21246 nt) | ebh | very large surface anchored protein (pseudogene) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/123); new base A (9/9); total (132/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
ATGATCAGCAATTCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTATTCAAATGTGTCAAGTTATCGATAGCTTGTGTTGCTTCAGTTTTAGCGCGTTGTAAGTTC > BX571857/1477260‑1477452 | gATCAGCAATTCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGtt < 1:2473688/97‑1 (MQ=255) aTCAGCAATTCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTc > 2:883488/1‑97 (MQ=255) aTCAGCAATTCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTc > 1:3270739/1‑97 (MQ=255) aTCAGCAATTCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTc > 1:363218/1‑97 (MQ=255) cAGCAATTCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCAc < 1:2369946/97‑1 (MQ=255) aGCAATTCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCATTCACt < 1:2866981/97‑1 (MQ=255) aaTTCCTTGTTTTAATTGGTCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACttgt < 2:325038/97‑1 (MQ=255) aaTTCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTCGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACttgt > 2:2221460/1‑97 (MQ=255) aaTTCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACttgt > 1:723621/1‑97 (MQ=255) aaTTCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACttgt > 2:2646453/1‑97 (MQ=255) ttCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGTTCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACttgttg > 2:113205/1‑97 (MQ=255) ttCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACttgttg < 1:2591810/97‑1 (MQ=255) tCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTtgttgt > 2:547479/1‑97 (MQ=255) tCCTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTGACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTtgttgt < 2:1876146/97‑1 (MQ=255) ccTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCATTCACTTgttgtt > 2:3063914/1‑97 (MQ=255) cTTGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCATTCACTTGTTGttt < 2:2963586/97‑1 (MQ=255) ttGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGtttt > 2:803820/1‑97 (MQ=255) ttGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGtttt < 1:3332151/97‑1 (MQ=255) ttGTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGtttt > 2:2804460/1‑97 (MQ=255) gTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTaa > 1:2838837/1‑97 (MQ=255) gTTTTAATTGATCCATCGCATTATCAAGCGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTaa > 1:2274511/1‑97 (MQ=255) ttttAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAAt < 2:2549280/97‑1 (MQ=255) ttttAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAAt < 2:2161742/97‑1 (MQ=255) ttAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGc > 1:1867544/1‑97 (MQ=255) tAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCt < 2:3403764/97‑1 (MQ=255) tAATTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCATTCACTTGTTGTTTTAATGCt < 1:1519367/97‑1 (MQ=255) aaTTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTg > 1:2233801/1‑97 (MQ=255) aaTTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTg > 1:2189930/1‑97 (MQ=255) aaTTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTg < 2:1522388/97‑1 (MQ=255) aaTTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTg < 2:3354749/97‑1 (MQ=255) aTTGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGt < 1:2619760/97‑1 (MQ=255) ttGATCCATCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGtt < 1:2096863/97‑1 (MQ=255) aTCGCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTtgtg > 2:505088/1‑97 (MQ=255) gCATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCATTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTgtggtg > 1:495033/1‑97 (MQ=255) cATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGgtgt < 1:1145154/97‑1 (MQ=255) cATTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGgtgt < 1:2344427/97‑1 (MQ=255) aTTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTa < 2:1852811/97‑1 (MQ=255) aTTATCAAGTGATGTAGCACTATTTTTCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTa < 1:756064/97‑1 (MQ=255) 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tttttCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTATTCAAATGTGTCAAGTTATCGa < 1:3056941/97‑1 (MQ=255) ttttCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTATTCAAATGTGTCAAGTTATCGAt > 1:2291531/1‑97 (MQ=255) ttttCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTATTCAAATGTGTCAAGTTATCGAt < 2:2845945/97‑1 (MQ=255) ttCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTATTCAAATGTGTCAAGTTATCGATAg < 1:2747116/97‑1 (MQ=255) ttCAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCATTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTATTCAAATGTGTCAAGTTATCGATAg < 2:2245105/97‑1 (MQ=255) cAGATCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTATTCAAATGTGTCAAGTTATCGATAGCt < 2:3458996/97‑1 (MQ=255) aTCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTATTCAAATGTGTCAAGTTATCGATAGCTtgt > 2:1448945/1‑97 (MQ=255) aTCAGTTACACCTGATACACGTTGCGCAGCGTTCACTTGTTGTTTTAATGCTGTTTTTTGTGGTGTATTCAAATGTGTCAAGTTATCGATAGCTtgt > 1:1759929/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |