| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,004,992 | G→A | 33.3% | intergenic (‑155/+50) | SAS1840 ← / ← SAS1841 | putative sodium:sulfate symporter/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,004,992 | 0 | G | A | 33.3% | 295.1 / 273.8 | 216 | intergenic (‑155/+50) | SAS1840/SAS1841 | putative sodium:sulfate symporter/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (71/73); new base A (35/37); total (106/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GAAAGTTGTCTATCTTGTATTATCATTACCGTCAAAATACCCCTTTCATCAGATAATTGGGTTTATTATAGCATATTTATACCGTTTTATGAATGCGCTTTCAAAAATTATCTACTATTCTTAATCCTAATGTCATGCGAAACTTTTTACTTTTTTATTTCATCTACATTGATTGTAGTAACTTGAATACCCG > BX571857/2004896‑2005088 | gAAAGTTGTCTATCTTGTATTATCATTACCGTCAAAATACCCCTTTCATCAGATAATTGGGTTTATTATAGCATATTTATACCGTTTTATGAATgcg > 2:70261/1‑97 (MQ=255) aaaGTTGTCTATCTTGTATTATCATTACCGTCAAAATACCCCTTTCATCAGATAATTGGGTTTATTATAGCATATTTATACCGTTTTATGAATgcgc < 1:2174866/97‑1 (MQ=255) aaGTTGTCTATCTTGTATTATCATTACCGTCAAAATACCCCTTTCATCAGATAATTGGGTTTATTATAGCATATTTATACCGTTTTATGAATGCGCt > 1:2881230/1‑97 (MQ=255) aaGTTGTCTATCTTGTATTATCATTACCGTCAAAATACACCTTTCATCAGCCAATTGGGTTTATGATAGCATATTTATACCGTTTTATGACTGCGCt > 2:1529888/1‑97 (MQ=255) aGTTGTCTATCTTGTATTATCATTACCGTCAAAATACCCCTTTCATCAGATAATTGGGTTTATTATAGCATATTTATACCGTTTTATGAATGCACtt > 1:1201342/1‑97 (MQ=255) tttGTCTATCTTGTATTATCATTACCGTCAAAATACCCCTCTCATCAGATAATTGGGTTTATTATAGCATATTTATACCGTTTTATGAATGCGCttt < 2:1807616/96‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |