| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 17 (0.180) | 16/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
AAACACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGT > BX571857/1025654‑1025846 | aaaCACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTAcc > 1:312636/1‑97 (MQ=255)aaaCACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTAcc < 1:968244/97‑1 (MQ=255) cacGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCatt > 2:2219628‑M2/1‑94 (MQ=255) cacGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCatt < 1:587151‑M2/97‑4 (MQ=255) gAGTGGAAAATATTTATAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattagg > 1:2175247‑M2/1‑91 (MQ=255) tGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgt < 1:909042‑M2/97‑10 (MQ=255) 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2:1627765‑M2/97‑16 (MQ=255) atatTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgt < 2:829987‑M2/97‑16 (MQ=255) atTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgt < 1:1391456‑M2/97‑18 (MQ=255) atTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgt > 2:1999263‑M2/1‑80 (MQ=255) agttaacgataaagCGATAAAAACTTGGATATTACAGCGAATTTAAACGTACGTGTACGGATGAGAAAGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATgtgt > 2:685585/3‑97 (MQ=255) tttAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtc < 1:1281658‑M2/97‑19 (MQ=255) taaagttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcat > 1:817183‑M2/1‑77 (MQ=255) taaagttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcat > 2:1448276‑M2/1‑77 (MQ=255) 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2:164025‑M2/97‑27 (MQ=255) agtGATAAAAACTTTGATATTACAGTGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgataca > 1:1493220‑M2/1‑68 (MQ=255) agtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgataca > 1:1493089‑M2/1‑68 (MQ=255) agtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAg < 2:2042857/97‑1 (MQ=255) gtGATAAACACTTTGATATTACAGCGTTTGTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGt < 1:1436485/97‑1 (MQ=255) gtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGt > 1:2077716/1‑97 (MQ=255) tGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTg < 1:1089872/97‑1 (MQ=255) tGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTg > 1:1618751/1‑97 (MQ=255) gATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGa < 2:57133/97‑1 (MQ=255) tAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataa < 2:1841396‑M2/97‑35 (MQ=255) tAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAtt > 2:1151115/1‑97 (MQ=255) tAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAtt > 2:1151100/1‑97 (MQ=255) aaaaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAttt > 1:115228/1‑97 (MQ=255) aaaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAtttt > 2:859323/1‑97 (MQ=255) aaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTa < 2:280573/97‑1 (MQ=255) aCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTAtt > 1:1136442/1‑97 (MQ=255) cTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTg > 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2:1492861‑M2/1‑51 (MQ=255) atTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAg > 2:404022/1‑97 (MQ=255) atTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAg < 2:1349525/97‑1 (MQ=255) atTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAg > 2:1447584/1‑97 (MQ=255) ttACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGt > 1:1460896/1‑97 (MQ=255) aCAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTgg > 2:2164663/1‑97 (MQ=255) cAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgt > 1:806130‑M2/1‑46 (MQ=255) aGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgtt < 1:1479669‑M2/97‑53 (MQ=255) gCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTAACCATTAGGTGTGAATGTGTCATAATGATAGGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACa > 1:2544/1‑97 (MQ=255) cGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAt < 1:14045/97‑1 (MQ=255) cGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAt < 2:1653561/97‑1 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttc < 1:1607665‑M2/97‑56 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAtt < 2:565528/97‑1 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAtt > 2:782989/1‑97 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAtt < 2:1611665/97‑1 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTGGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcatactgatacagataacgccttaattacagtgttttc > 2:857608‑M2/1‑42 (MQ=255) tttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGt > 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1:1713992/1‑97 (MQ=255) tttGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttcaaggtgttcagaatgtgttgc > 1:1243553‑M2/1‑21 (MQ=255) ttGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACAt > 1:1818760/1‑97 (MQ=255) tGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATg > 1:527736/1‑97 (MQ=255) tGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGGCATAATGAGAAGTGATTCTATTGACTGGGGCGGCCCTTAGTGGATACAGGAAAGAAACATg > 2:1793604/1‑97 (MQ=255) gagaATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGt < 2:1217174/97‑1 (MQ=255) aaTGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAAt > 2:1490880/1‑97 (MQ=255) aTGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAAtt < 1:652840/97‑1 (MQ=255) aTGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAAtt > 2:2264441/1‑97 (MQ=255) cGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTaa < 1:2263249/97‑1 (MQ=255) cGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTaa < 2:1737338/97‑1 (MQ=255) gTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttcaaggtgttcagaatgtgttgcaaggtaaaaaagg < 2:294038‑M2/97‑90 (MQ=255) gTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTaaa < 2:968130/97‑1 (MQ=255) ttACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttcaaggtgttcagaatgtgttgcaaggtaaaaaagggca < 1:317750‑M2/97‑93 (MQ=255) aCCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCa < 2:731793/97‑1 (MQ=255) cATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGt > 1:410358/1‑97 (MQ=255) | AAACACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGT > BX571857/1025654‑1025846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |