Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BX571857 | 697,673 | G→T | 72.3% | A121S (GCT→TCT) | SAS0619 → | putative membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BX571857 | 697,673 | 0 | G | T | 72.3% | 49.4 / 26.7 | 29 | A121S (GCT→TCT) | SAS0619 | putative membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/4); new base T (10/11); total (14/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
ATTTTAATCTTCTTCTTATTTGGTATAGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTGCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTAGGTATCGTTACACCATTTTTAATTGTTT > BX571857/697577‑697769 | atTTTAATCTTCTTCTTATTTGGTATAGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTGc < 1:70397/98‑1 (MQ=255) tttAATCTTCTTCTTATTTGGTATAGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCtt > 1:35474/1‑98 (MQ=255) tAATCTTCTTCTTATTTGGTATAGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTa < 1:12396/98‑1 (MQ=255) aaTCTTCTTCTTATTTGGTATAGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTaa > 2:79164/1‑98 (MQ=255) tcttcttctTATTTGGTATAGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAAtt > 1:74192/1‑98 (MQ=255) cttcttcttATTTGGTATAGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTGCTTTAATTa > 2:62606/1‑98 (MQ=255) tcttATTTGGTATAGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACa < 1:17730/98‑1 (MQ=255) tataGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGAttt < 2:171874/98‑1 (MQ=255) ataGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTta > 2:97954/1‑98 (MQ=255) ataGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTGCTTTAATTATGACATTAGCGATTta > 1:249175/1‑98 (MQ=255) aGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTGCTTTAATTATGACATTAGCGATTtata < 2:254542/98‑1 (MQ=255) gTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTAc > 2:298576/1‑98 (MQ=255) tAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTa > 2:112456/1‑98 (MQ=255) ggCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAg < 1:140343/97‑1 (MQ=255) gggcAACATTTGAAGAAAGTTATCACATACCTACATGGCTAGGTGCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATaaa < 2:2229/96‑1 (MQ=255) gcgcAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATTGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATaaa < 2:253897/98‑1 (MQ=255) cgcAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATaaaa > 2:21944/1‑98 (MQ=255) cATTTGACGAAAGTTATAACATGCCTACATGGCTAGGTTCTTTAAGTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTa < 2:71466/98‑1 (MQ=255) tGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTg < 1:144230/98‑1 (MQ=255) gaagaaAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGc < 2:139100/98‑1 (MQ=255) aaaGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTa > 1:42483/1‑98 (MQ=255) gTTATAACATACCTACATGGCTAGGTGCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTAGGt > 1:290850/1‑98 (MQ=255) ataACATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTAGGTATc > 2:15725/1‑98 (MQ=255) cATACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTAGGTATCGTTa > 1:262344/1‑98 (MQ=255) aTACCTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTAGGTATCGTTac < 1:72594/98‑1 (MQ=255) cTACATGGCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTAGGTATCGTTACACCa < 1:190829/98‑1 (MQ=255) cTACATGGCTAGGTGCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTAGGTATCGTTACACCa < 1:253580/98‑1 (MQ=255) ggCTAGGTTCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTAGGTATCGTTACACCATTTTTa < 2:100671/98‑1 (MQ=255) tGCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTAGGTATCGTTACACCATTTTTAATTGttt > 2:158773/1‑98 (MQ=255) | ATTTTAATCTTCTTCTTATTTGGTATAGCTGTAACCATGATAGCTGGTGCAGGCGCAACATTTGAAGAAAGTTATAACATACCTACATGGCTAGGTGCTTTAATTATGACATTAGCGATTTATATTACGTTGCTATTAGACTTTAATAAAATAGTACGTGCACTAGGTATCGTTACACCATTTTTAATTGTTT > BX571857/697577‑697769 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |