| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 21 (0.330) | 18/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
AAACACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGT > BX571857/1025654‑1025846 | aaaCACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTAcc > 2:937232/1‑97 (MQ=255)aaaCACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTAcc > 1:68639/1‑97 (MQ=255) cacGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCatg < 1:1066347‑M2/97‑4 (MQ=255) cGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattag > 2:90138‑M2/1‑92 (MQ=255) cGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattag < 2:1531523‑M2/97‑6 (MQ=255) cGAGTGGAAAATATTGAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattag > 2:1203501‑M2/1‑92 (MQ=255) gAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattagg < 1:801494‑M2/97‑7 (MQ=255) ggAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtt < 2:796958‑M2/97‑11 (MQ=255) gAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtta < 2:1360150‑M2/97‑12 (MQ=255) gAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtta < 2:1578474‑M2/97‑12 (MQ=255) gAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtta < 1:910705‑M2/97‑12 (MQ=255) gAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgtta > 1:1293393‑M2/1‑86 (MQ=255) gAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATACTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGCATGGCCGTTTTACCattaggtgtta < 2:105623‑M2/97‑12 (MQ=255) gAAAACATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGATTTTAAACGTTCGTGTACGCTTGAGAATGGCCGTCTTACGattaggtgtaa < 2:105622‑M2/97‑12 (MQ=255) aaaaTATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaa > 2:961726‑M2/1‑85 (MQ=255) atatTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgt < 2:689866‑M2/97‑16 (MQ=255) tttAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtc < 2:659472‑M2/97‑19 (MQ=255) tttAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtc < 2:196622‑M2/97‑19 (MQ=255) ttaaagttaaagTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtca > 1:1022964‑M2/1‑78 (MQ=255) taaagttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcat < 2:1323289‑M2/97‑21 (MQ=255) taaagttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcat < 2:1237550‑M2/97‑21 (MQ=255) aaagttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcata < 1:1454023‑M2/97‑22 (MQ=255) agttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataat < 1:362497‑M2/97‑24 (MQ=255) agttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataat > 2:340856‑M2/1‑74 (MQ=255) agttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataat < 1:745376‑M2/97‑24 (MQ=255) agttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataat > 2:1101424‑M2/1‑74 (MQ=255) gttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatg > 1:442642‑M2/1‑73 (MQ=255) ttaaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatga > 1:852241‑M2/1‑72 (MQ=255) taaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgat < 2:811705‑M2/97‑27 (MQ=255) taaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgat < 1:363970‑M2/97‑27 (MQ=255) aaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgata < 2:263249‑M2/97‑28 (MQ=255) aaagtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgata < 2:290081‑M2/97‑28 (MQ=255) agtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAg < 2:885773/97‑1 (MQ=255) gtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacag < 2:36467‑M2/97‑31 (MQ=255) gtGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGt > 1:1198569/1‑97 (MQ=255) tGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGAGAAGTg > 2:6552/1‑97 (MQ=255) gATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagat < 2:1491363‑M2/97‑33 (MQ=255) aTAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagata < 1:476666‑M2/97‑34 (MQ=255) tAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAtt > 1:1574639/1‑97 (MQ=255) tAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAtt > 1:1574438/1‑97 (MQ=255) aaaaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAttt > 1:522974/1‑97 (MQ=255) aaaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAtttt < 2:869306/97‑1 (MQ=255) aaaaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGAtttt > 1:670453/1‑97 (MQ=255) aaCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgcc < 1:542530‑M2/97‑39 (MQ=255) aCTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTAtt < 2:1033515/97‑1 (MQ=255) cTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgcctt > 2:1511303‑M2/1‑57 (MQ=255) tttGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGa < 2:500411/97‑1 (MQ=255) tttGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGa > 1:1028033/1‑97 (MQ=255) tttGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGa > 1:238592/1‑97 (MQ=255) tGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaat > 2:935973‑M2/1‑54 (MQ=255) tatTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGACTGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATGAGTGATGTCATTGAATGGa > 2:428100/1‑97 (MQ=39) tatTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattac > 2:46872‑M2/1‑51 (MQ=255) ttACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGt > 2:277644/1‑97 (MQ=255) ttACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGt > 1:1304875/1‑97 (MQ=255) aGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgtt < 2:1411953‑M2/97‑53 (MQ=255) aGCGTTTTTAAACGTTCGGGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgtt < 2:185139‑M2/97‑53 (MQ=255) gCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACa > 1:308455/1‑97 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAtt < 2:967668/97‑1 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAtt > 1:205737/1‑97 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAtt < 1:473349/97‑1 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAtt < 2:241270/97‑1 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAtt < 2:214179/97‑1 (MQ=255) gTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCAGTAGGTGTTAATGTGGCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACAtt < 2:1321025/97‑1 (MQ=255) tttttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttca > 2:125198‑M2/1‑41 (MQ=255) tttttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTa > 2:418521/1‑97 (MQ=255) ttttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataccgccttaattacagtgttttcaa > 1:744129‑M2/1‑40 (MQ=255) tttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGt > 1:1152130/1‑97 (MQ=255) tttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGt > 2:366683/1‑97 (MQ=255) ttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTg < 2:903905/97‑1 (MQ=255) ttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTg < 1:983013/97‑1 (MQ=255) ttAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTg < 2:1191973/97‑1 (MQ=255) tAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttcaaggt > 2:289214‑M2/1‑37 (MQ=255) aaCGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttcaaggtgt > 1:583156‑M2/1‑35 (MQ=255) aaCGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGat > 2:842988/1‑97 (MQ=255) aaCGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGat > 2:695703/1‑97 (MQ=255) ttCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTg < 2:1246632/97‑1 (MQ=255) ttCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTg > 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1:696921‑M2/1‑21 (MQ=255) ttGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACAt < 1:1230685/97‑1 (MQ=255) gagaATGGCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttcaaggtgttcagaatgtgttgcaag > 2:1248962‑M2/1‑18 (MQ=255) gagaATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGt < 2:473073/97‑1 (MQ=255) gagaATGGCCGTGTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGt < 2:750026/97‑1 (MQ=255) agaATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTa < 2:1171242/97‑1 (MQ=255) aaTGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAAt < 1:257244/97‑1 (MQ=255) aTGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAAtt < 1:659472/97‑1 (MQ=255) gCCGTTTTACCattaggtgttaatgtgtcataatgatacagataacgccttaattacagtgttttcaaggtgttcagaatgtgttgcaaggtaaaaa < 2:651478‑M2/97‑87 (MQ=255) gTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTaaa < 2:1007373/97‑1 (MQ=255) ttACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGt > 1:585543/1‑97 (MQ=255) tACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGGTATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTc > 2:1569807/1‑97 (MQ=255) tACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTc < 2:326622/97‑1 (MQ=255) aCCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCa < 2:435422/97‑1 (MQ=255) ccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAg < 1:248438/97‑1 (MQ=255) cATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGt > 1:1231143/1‑97 (MQ=255) | AAACACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACGTTCGTGTACGTTTGAGAATGGCCGTTTTACCATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAATTCCTAAAAGTCAGT > BX571857/1025654‑1025846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |