| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,945,482 | C→G | 47.0% | K154N (AAG→AAC) | SAS1784 ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,945,482 | 0 | C | G | 47.0% | 19.0 / 170.4 | 83 | K154N (AAG→AAC) | SAS1784 | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/26); new base G (20/19); total (38/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
AAGTGATTCGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAATCATATATATG > BX571857/1945389‑1945574 | aaGTGATTCGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTc > 1:926417/1‑97 (MQ=255) aGTGATTCGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCg > 1:146991/1‑97 (MQ=255) gTGATTCGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGc < 2:622960/97‑1 (MQ=255) gTGATTCGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGc < 1:468043/97‑1 (MQ=255) gTGATTCGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGc < 2:707067/97‑1 (MQ=255) gTGATTCGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGc < 1:912577/97‑1 (MQ=255) tGATTCGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCa > 1:887254/1‑97 (MQ=255) tGATTCGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCa < 2:1143102/97‑1 (MQ=255) cGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCt > 1:516438/1‑97 (MQ=255) cGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCt > 1:753554/1‑97 (MQ=255) cGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCt > 1:1473346/1‑97 (MQ=255) gtAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTGCTGACCTGACTTGCTCGGGCCAAGTAAATTCAGATTAAGAGCCTTTGCTAACTTCGCGGTTCtag < 2:107655/96‑1 (MQ=255) aTAGTATATATCGCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACGTGCTCAGACGAATTGAAGGCAGATTAAAAGCCTGTGCTAACTTCGCAGTTCtag < 2:106860/97‑1 (MQ=255) tAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCtagt > 1:1367658/1‑97 (MQ=255) tAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCtagt < 2:987390/97‑1 (MQ=255) aGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCtagta > 1:353527/1‑97 (MQ=255) gTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCtagtag > 1:144648/1‑97 (MQ=255) gTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCtagtag > 1:794315/1‑97 (MQ=255) tatataTCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGc > 1:1030535/1‑97 (MQ=255) atatatCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCa < 1:1176126/97‑1 (MQ=255) atatatCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCa > 1:980967/1‑97 (MQ=255) atatatCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCa < 2:1327617/97‑1 (MQ=255) tatatCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCaa > 2:770641/1‑97 (MQ=255) tatatCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCaa > 2:770758/1‑97 (MQ=255) tatatCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCaa < 1:1003216/97‑1 (MQ=255) tatatCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCaa < 1:1003065/97‑1 (MQ=255) tatCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGTCTTGCTCAGTCCAATTAAGTTCGTATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAAtt < 1:1163549/97‑1 (MQ=255) tctcGTCAATCTCATCTTTGTTCTGACCGGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTTACAGCCATGGCTAACTTCGCAGTCCTAGTAGCAATTGc < 2:691848/97‑1 (MQ=255) tctcGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGGCTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGc < 1:164676/97‑1 (MQ=255) tctcGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGc > 2:230109/1‑97 (MQ=255) tCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTg < 1:1516219/97‑1 (MQ=255) acAAACACATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCATACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTg < 2:687/96‑1 (MQ=255) aaaCTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTa > 2:1177565/1‑97 (MQ=255) aCTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTAcc < 1:330202/97‑1 (MQ=255) tCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTaaaa < 1:1167974/97‑1 (MQ=255) tttGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAAt > 2:1506941/1‑97 (MQ=255) tttGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAAt > 2:530597/1‑97 (MQ=255) tttGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAAt < 1:1327719/97‑1 (MQ=255) ctgacctgacTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACt < 1:654181/97‑1 (MQ=255) ctgacctgacTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACt > 1:777469/1‑97 (MQ=255) ctgacctgacTAGCGCAGACCAATTAAATTTATATTAAAAGCCTTTGCTAGCTTCGCAGTCCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAAca > 2:728085/1‑96 (MQ=255) tgacctgacTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAAccg > 1:1406609/1‑95 (MQ=255) acctgacTTGCTCAGACCAATTAAATTCATCTTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGtt > 2:308221/1‑97 (MQ=255) acctgacTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGtt < 2:765199/97‑1 (MQ=255) ctgacTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTg > 2:370946/1‑97 (MQ=255) ctgacTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTg < 2:1323132/97‑1 (MQ=255) cTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCt < 1:1341956/97‑1 (MQ=255) cTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCt < 2:1479577/97‑1 (MQ=255) ttGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTg < 1:790184/97‑1 (MQ=255) tGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGa < 1:1166951/97‑1 (MQ=255) cTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATa < 1:1120921/97‑1 (MQ=255) cAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAgg > 2:709266/1‑97 (MQ=255) aGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGc < 2:233066/97‑1 (MQ=255) gagcAATTAAATTCATATTAAGAGCCGTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCg < 2:634544/94‑1 (MQ=255) gACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCg < 2:26605/97‑1 (MQ=255) cAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGttt < 2:1150478/97‑1 (MQ=255) aaTTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTa > 1:1224548/1‑97 (MQ=255) ttAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTAcc > 2:327080/1‑97 (MQ=255) tAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCa < 2:1135173/97‑1 (MQ=255) tAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCa < 1:1505549/97‑1 (MQ=255) aaaTTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAg > 2:179932/1‑97 (MQ=255) aaaTTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAg > 2:179805/1‑97 (MQ=255) aaaTTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAg < 1:777326/97‑1 (MQ=255) aaTTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGt > 1:198055/1‑97 (MQ=255) aTTCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGtt < 1:203011/97‑1 (MQ=255) ttCATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTa > 2:720304/1‑97 (MQ=255) cATATTAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTAtt < 1:1053705/97‑1 (MQ=255) cATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTAtt < 1:414758/97‑1 (MQ=255) ttAAAAGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCg > 2:1315757/1‑97 (MQ=255) ttAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGCTCCAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATTAAACTGTATGTTCTTATTGGCGATTACCAGTTTCTTTCg > 1:31914/1‑97 (MQ=255) aaaaGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGaa > 1:951906/1‑97 (MQ=255) aaaaGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGaa > 2:19368/1‑97 (MQ=255) aaaGCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAAt < 1:1292953/97‑1 (MQ=255) aaaGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAAt < 1:1132164/97‑1 (MQ=255) gCCTTTGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAATCat < 1:681230/97‑1 (MQ=255) gCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAATCat > 2:998478/1‑97 (MQ=255) gCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAATCat < 1:200627/97‑1 (MQ=255) gCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAATCat < 1:346712/97‑1 (MQ=255) ccTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAATCata < 2:543467/97‑1 (MQ=255) cTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAATCatat > 1:648391/1‑97 (MQ=255) tttGCTAAGTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAATCatata > 2:1392680/1‑97 (MQ=255) gCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAATCatatatat < 2:903123/97‑1 (MQ=255) cTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATATTCGAATCATATATAtg > 2:248931/1‑97 (MQ=255) | AAGTGATTCGATAGTATATATCTCGTCAAACTCATCTTTGTTCTGACCTGACTTGCTCAGACCAATTAAATTCATATTAAAAGCCTTTGCTAACTTCGCAGTTCTAGTAGCAATTGCACCTGTACCTAAAAATAAAACTGTTTGTCCTGATAGGCGTTTACCAGTTATTTTCGAATCATATATATG > BX571857/1945389‑1945574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |