| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571858 | 1 = | 0 (0.000) | 230 (1.080) | 107/172 | NT | 100% | intergenic (–/‑11) | –/pSAS01 | –/putative ABC transporter ATP binding protein |
| ? | BX571858 | = 20651 | 0 (0.000) | intergenic (+5/–) | pSAS24/– | putative exported protein/– | |||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TGATTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571858/98‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑TTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGATCA < BX571858/20651‑20556 ATTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTC < 1:1479263/98‑1 TTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCAT < 2:450879/98‑1 TTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCAT < 1:573113/98‑1 TTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATT > 2:2130606/1‑98 TTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATT < 1:1398356/98‑1 CCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTT > 1:955018/1‑98 CCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGCTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTT > 2:1088423/1‑98 CTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTA > 2:31093/1‑98 TTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAA < 1:422183/98‑1 TTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAA < 2:759022/98‑1 TTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAA > 1:1229096/1‑98 TCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAG > 1:729869/1‑98 AAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTA > 2:1756463/1‑98 AAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTA > 1:3244190/1‑98 AATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAG > 2:3011294/1‑98 AATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAG > 1:1355074/1‑98 ATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGG < 1:1440643/98‑1 ATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGG > 2:2388911/1‑98 TTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGA < 1:2896430/98‑1 TAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAA < 2:871567/98‑1 TAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAA > 1:1776035/1‑98 TAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAA < 2:1656326/98‑1 AAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAAT < 2:604569/98‑1 AGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGTAATAT > 2:2268644/1‑98 AGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT > 2:493673/1‑98 ACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑CTTT < 2:2917391/98‑1 CATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑CTTTt < 2:3331966/98‑2 ATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCCAGTTTTATCACTATCTGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑TTattg > 2:1829400/1‑94 TCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATG > 1:2137474/1‑98 CTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGCATATCTTTTGTAATGT > 2:2623548/1‑98 CTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGT > 1:1667957/1‑98 CTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGT > 1:2993582/1‑98 CTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATATTTTGTAATGT > 2:2369362/1‑98 TAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTA < 1:2162089/98‑1 TAAAATGTGTTTATTACCTTGTTTTACAAAAACATTTGCAAGTTGTATCACTAGCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTA < 2:3083005/98‑1 AAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTTTAATGTAT > 2:2984461/1‑98 AAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATT > 2:1695773/1‑98 AAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATT < 1:2705161/98‑1 AATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTC < 2:1951795/98‑1 AATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTC > 1:965719/1‑98 ATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCT < 2:3319156/98‑1 ATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCT < 2:1287328/98‑1 ATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCT < 2:14658/98‑1 TGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTA < 1:1267859/98‑1 GTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTAT < 2:2742793/98‑1 TTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGA < 2:3168820/98‑1 TTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGA < 1:1004582/98‑1 TTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGA < 2:1923145/98‑1 TTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGA < 2:2471943/98‑1 TTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAA < 1:595093/98‑1 TTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGC < 1:1175822/98‑1 TACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCA > 1:2576002/1‑98 TACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTAAAATTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCA < 2:1543116/98‑1 ACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCAC > 2:2747478/1‑98 ACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCAC > 1:2763037/1‑98 CCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACA > 1:228333/1‑98 CTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACAT > 1:1842912/1‑98 CTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACAT > 2:2121994/1‑98 TTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATAT < 1:1349707/98‑1 TTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATT < 2:2878211/98‑1 TTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTT < 1:1562710/98‑1 TTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTT < 1:667094/98‑1 TTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTC < 1:893292/98‑1 ACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCT < 2:1356595/98‑1 CAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTT < 1:3089786/98‑1 AAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTT < 1:187540/98‑1 AAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTA < 2:3257809/98‑1 AAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTAT > 1:102639/1‑98 AAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTAT > 2:2438004/1‑98 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TGATTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571858/98‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑TTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGATCA < BX571858/20651‑20556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |