| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,778,123 | C→T | 6.0% | A1049T (GCA→ACA) | SAS2578 ← | collagen adhesin precursor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,778,123 | 0 | C | T | 6.0% | 246.4 / 6.1 | 77 | A1049T (GCA→ACA) | SAS2578 | collagen adhesin precursor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/23); new base T (3/2); total (52/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGATT > BX571857/2778027‑2778149 | cATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc > 2:934236/1‑98 (MQ=34)cATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc > 1:396645/1‑98 (MQ=34) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGccc < 1:3295031/98‑1 (MQ=33) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCGTTTGCTTTTTCCTCTAATCCTTccc > 2:246737/1‑98 (MQ=255) tGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGCCCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 2:403522/1‑98 (MQ=18) tGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 1:1381720/1‑98 (MQ=34) tGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc < 1:646505/98‑1 (MQ=34) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACg > 1:2386591/1‑98 (MQ=34) ttATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGt < 1:3115557/98‑1 (MQ=33) tATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTa > 2:190636/1‑98 (MQ=21) tATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTa > 1:985875/1‑98 (MQ=34) tATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTa > 1:1666309/1‑98 (MQ=34) tATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTa < 1:1872807/98‑1 (MQ=33) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTAt < 2:579713/98‑1 (MQ=33) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTAt < 2:367795/98‑1 (MQ=33) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTAt > 2:1323532/1‑98 (MQ=34) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTAt > 2:443970/1‑98 (MQ=34) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTAt > 2:743313/1‑98 (MQ=34) tCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATg < 1:383182/98‑1 (MQ=33) tCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATg > 1:2933874/1‑98 (MQ=34) tCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATg > 1:3032510/1‑98 (MQ=34) ccACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg < 1:1546627/98‑1 (MQ=33) ccACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 2:31927/1‑98 (MQ=34) ccACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 2:3216325/1‑98 (MQ=34) ccACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 2:3262962/1‑98 (MQ=34) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATggg < 1:315962/98‑1 (MQ=33) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATggg > 2:1286198/1‑98 (MQ=34) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATggg < 1:3353623/98‑1 (MQ=34) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATggg > 1:1289264/1‑98 (MQ=34) acaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGt < 2:2226441/98‑1 (MQ=33) acaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGt > 1:446193/1‑98 (MQ=34) acaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGt < 2:2361947/98‑1 (MQ=33) acaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTGTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGt < 2:3151833/98‑1 (MQ=18) caTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGTCCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTCTGGGTc > 2:2339647/1‑98 (MQ=255) aTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTTTGGGTcc > 2:1345169/1‑98 (MQ=21) aTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc < 1:548340/98‑1 (MQ=33) aTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc > 1:1440635/1‑98 (MQ=34) aTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc > 1:3327806/1‑98 (MQ=34) aTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc > 1:3077832/1‑98 (MQ=33) tgtgTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa > 1:3360299/1‑98 (MQ=34) tgtgTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa < 2:502647/98‑1 (MQ=33) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTATGGGTCCAg < 2:2167093/98‑1 (MQ=18) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAg > 2:1480309/1‑98 (MQ=34) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAg > 2:3154720/1‑98 (MQ=34) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAg > 2:1864750/1‑98 (MQ=34) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAg > 1:2509525/1‑98 (MQ=34) gttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt < 2:2509525/98‑1 (MQ=33) gttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt > 1:2473751/1‑98 (MQ=34) gttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt > 1:3162877/1‑98 (MQ=34) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtta < 1:2761130/98‑1 (MQ=33) tgtATAACCTTTACCTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCCGttat > 2:539169/1‑98 (MQ=16) tgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttat > 1:82678/1‑98 (MQ=34) tgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttat > 2:949711/1‑98 (MQ=33) tgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttat < 2:3301790/98‑1 (MQ=33) tgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttat > 1:645276/1‑98 (MQ=34) tgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttat > 1:2039619/1‑98 (MQ=34) gtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTATGGGTCCAGttatt > 2:100982/1‑98 (MQ=21) gtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatt < 2:3321521/98‑1 (MQ=33) gtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatt < 1:1501658/98‑1 (MQ=33) gtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatt > 2:2075407/1‑98 (MQ=34) gtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatt < 1:869817/98‑1 (MQ=33) gtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatt < 1:2660775/98‑1 (MQ=33) tataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta > 1:1579208/1‑98 (MQ=33) tataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta > 2:1719282/1‑98 (MQ=34) tataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta < 2:921289/98‑1 (MQ=33) tataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta > 1:2199572/1‑98 (MQ=34) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg > 1:2193054/1‑98 (MQ=34) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg > 1:1877797/1‑98 (MQ=34) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg > 1:2393174/1‑98 (MQ=34) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTCATTAg > 2:992178/1‑98 (MQ=21) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCTTCTTATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGa > 2:1464576/1‑98 (MQ=16) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTATGGGTcc < 1:693932/88‑1 (MQ=18) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTATGGGTcc > 2:693932/1‑88 (MQ=18) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGa > 2:2607666/1‑98 (MQ=33) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGa < 1:1661023/98‑1 (MQ=33) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGa > 1:1966631/1‑98 (MQ=33) aaCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATTTTTTTCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 2:2382829/1‑98 (MQ=11) aaCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 2:3330149/1‑98 (MQ=32) aaCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 2:155304/1‑98 (MQ=32) aaCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 1:2947477/1‑98 (MQ=32) aCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAtt > 2:714393/1‑98 (MQ=31) | CATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGATT > BX571857/2778027‑2778149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |