| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,778,533 | T→C | 5.1% | N912S (AAC→AGC) | SAS2578 ← | collagen adhesin precursor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,778,533 | 0 | T | C | 5.1% | 728.9 / 18.8 | 187 | N912S (AAC→AGC) | SAS2578 | collagen adhesin precursor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/99); new base C (5/5); total (83/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GTTTTTACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTCACAATCAAGTTGCCCATATCATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTGACCTTTGTTA > BX571857/2778437‑2778629 | tttttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGtt > 2:1132246/1‑97 (MQ=255) tttttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGtt > 1:964853/1‑97 (MQ=255) ttttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTa < 1:347901/97‑1 (MQ=255) ttttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTa > 1:1774231/1‑97 (MQ=255) tttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTaa > 1:833102/1‑97 (MQ=255) tACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAAtt < 1:1108013/97‑1 (MQ=255) tACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAAtt < 2:1780071/97‑1 (MQ=255) tACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAAtt < 1:657045/97‑1 (MQ=255) tACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAAtt > 1:1928118/1‑97 (MQ=255) tACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAAtt > 1:1435388/1‑97 (MQ=255) cTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGa < 2:1493035/97‑1 (MQ=255) cTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGa < 1:1589174/97‑1 (MQ=255) tttCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGAt < 2:1676100/97‑1 (MQ=255) tttCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGAt < 1:790458/97‑1 (MQ=255) 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aaaTTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatt > 2:345081/1‑97 (MQ=255) aaTTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtattt < 2:766682/97‑1 (MQ=255) aaTTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtattt > 2:829240/1‑97 (MQ=255) aTTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtattta < 1:242425/97‑1 (MQ=255) aTTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtattta < 2:354054/97‑1 (MQ=255) ttATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatttatt > 1:524216/1‑97 (MQ=39) ttATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatttatt > 2:2005961/1‑97 (MQ=38) ttATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatttatt > 1:1824313/1‑97 (MQ=39) tataCTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTc > 2:1651861/1‑97 (MQ=38) tataCTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTc > 1:1815584/1‑97 (MQ=38) tataCTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTc > 1:1181779/1‑97 (MQ=38) ataCTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCg > 2:1761961/1‑97 (MQ=37) cTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGCTGAAGTTCGTCGTGCCGTGCTTTTTTGTCGTTCTTGGTTGTTGTTTTTGGCGTATATTTATTCGTca > 2:529020/1‑97 (MQ=2) cTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTca > 1:130957/1‑97 (MQ=34) tGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTcac < 1:1606789/97‑1 (MQ=34) gACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAAt > 1:1216455/1‑63 (MQ=35) 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ccGTTAGTTGTTGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTCACTATCACGTTGCCCATATCTTTGTTATCCACATGTGTTGTATAacctttgacctttg < 2:184496/97‑1 (MQ=17) ccGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTCACAATCAAGTTGCCCATATCATTGTTATCCACATGTGTTGTATAacctttaacttttg > 2:796497/1‑97 (MQ=16) gTTATTTGATGTTGTTTCTGGCGTATATGTATTCGTCACAATCGAGTTGTCCATATCTGTGTTGTCCACATGTGGTGTTTTtcctttgaccattggt < 2:1560620/97‑3 (MQ=9) gTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTCACAATCAAGTTGCCCATATCATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTGACCTTTGtt < 1:716758/97‑1 (MQ=255) gTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTCACAATCAAGTTGCCCATATCATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTGACCTTTGtt > 1:757523/1‑97 (MQ=255) ttAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTCACAATCAAGTTGCCCATATCATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTGACCTTTGTTa < 2:1768990/97‑1 (MQ=255) | GTTTTTACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTCACAATCAAGTTGCCCATATCATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTGACCTTTGTTA > BX571857/2778437‑2778629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |