| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 733,955 | G→A | 8.9% | G422D (GGC→GAC) | SAS0655 → | putative sodium:sulfate symporter protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 733,955 | 0 | G | A | 8.9% | 435.5 / 26.8 | 123 | G422D (GGC→GAC) | SAS0655 | putative sodium:sulfate symporter protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/66); new base A (5/6); total (51/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TAAGTGATCAAACTTTTGGTGTTTTAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTAACCTCTACGTTACACTTAGGAGACCAGTCTATAGGATTTGT > BX571857/733859‑734051 | tAAGTGATCAAACTTTTGGTGTTTTAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCACTTggg > 1:1495213/1‑97 (MQ=255) aaGTGATCAAACTTTTGGTGTTTTAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGc < 1:514297/97‑1 (MQ=255) aaGTGATCAAACTTTTGGTGTTTTAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGc < 1:1254670/97‑1 (MQ=255) gTGATCAAACTTTTGGTGTTTTAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCtt < 2:1421236/97‑1 (MQ=255) aTCAATCTTTTGGTGTTTTAGGTTTAAATCATTTACTTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGc < 2:899525/97‑1 (MQ=255) aTCAAACTTTTGGTGTTTTAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGc > 1:1657655/1‑97 (MQ=255) 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ggtggtTTAGGTTTAAAACAGTTAGCTATGATCGCGACGATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGGTTCATTTGGGCTTTGCGGGTGagacaa < 2:1847247/97‑1 (MQ=255) ggTGTTTTAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGcaacaa < 1:289841/97‑1 (MQ=255) ggTGTTTTAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGcaacaa < 1:2037404/97‑1 (MQ=255) ggTGTTTTAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGACTTTGCGAGTGcaacaa < 2:1602800/97‑1 (MQ=255) ttttAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGttt < 2:1941779/97‑1 (MQ=255) ttAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTCATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTat > 2:1648106/1‑97 (MQ=255) ttAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTat < 2:164104/97‑1 (MQ=255) tAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGACTTTGCGAGTGCAACAAGTTTatc > 1:2190447/1‑97 (MQ=255) ggTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTatcat < 1:1371930/97‑1 (MQ=255) gTTTAGAACATTTACCTATTATCGCGACTATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTGTGCGAGTGCAACAAGTTTatcatc < 2:1145061/97‑1 (MQ=255) gTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGACTTTGCGAGTGCAACAAGTTTatcatc < 1:12494/97‑1 (MQ=255) tAAGACAGTTGCCTATTGTCGCGACGATTGCACTGGTCACGCTTTGTAATATATGGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGGTTATCATCAGc < 2:214481/97‑1 (MQ=255) tAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGc > 2:2137249/1‑97 (MQ=255) tAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGc > 2:699832/1‑97 (MQ=255) tAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGc > 2:2033584/1‑97 (MQ=255) tAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGc > 1:383751/1‑97 (MQ=255) tAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGc > 2:1567083/1‑97 (MQ=255) cATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTaa < 1:2165394/97‑1 (MQ=255) ttACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATAc > 2:1085634/1‑97 (MQ=255) ttACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATAc > 2:652889/1‑97 (MQ=255) ttACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATAc < 1:719174/97‑1 (MQ=255) tACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATAcc > 2:459915/1‑97 (MQ=255) tACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATAcc > 2:1903758/1‑97 (MQ=255) aCCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCt < 1:1258375/97‑1 (MQ=255) 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tattatCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGtt < 1:2120762/97‑1 (MQ=255) ttatCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGtttt < 2:334870/97‑1 (MQ=255) ttatCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGtttt < 1:1936939/97‑1 (MQ=255) atCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTa > 2:1746464/1‑97 (MQ=255) atCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTa > 2:1470662/1‑97 (MQ=255) tCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGACTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTAt < 2:1070648/97‑1 (MQ=255) gcgACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTAttt > 1:480156/1‑97 (MQ=255) cgACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTc < 1:711862/97‑1 (MQ=255) gACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGACTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCg > 2:114619/1‑97 (MQ=255) cAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCt < 1:72810/97‑1 (MQ=255) cAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCt < 1:301721/97‑1 (MQ=255) aaTTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTa > 2:1613171/1‑97 (MQ=255) aTTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTaa < 1:1060379/97‑1 (MQ=255) tGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTAAcc < 2:1688379/97‑1 (MQ=255) cACTTATCACGCTTTTTAATATATTGTTTCGTTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGGTTTTATTTCGCTAACctc < 2:425853/97‑1 (MQ=255) cACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGACTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTAACctc < 2:652232/97‑1 (MQ=255) 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gggCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTAACCTCTACGTTACACTTAGGAGACCAGTCTATAGGAttt < 1:1081957/97‑1 (MQ=255) gggCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTAACCTCTACGTTACACTTAGGAGACCAGTCTATAGGAttt < 1:1519078/97‑1 (MQ=255) gggCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTAACCTCTACGTTACACTTAGGAGACCAGTCTATAGGAttt < 1:232933/97‑1 (MQ=255) ggCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTAACCTCTACGTTACACTTAGGAGACCAGTCTATAGGATTTg > 1:1664634/1‑97 (MQ=255) ggCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTAACCTCTACGTTACACTTAGGAGACCAGTCTATAGGATTTg < 1:169512/97‑1 (MQ=255) gCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTAACCTCTACGTTACACTTAGGAGACCAGTCTATAGGATTTGt < 1:144727/97‑1 (MQ=255) | TAAGTGATCAAACTTTTGGTGTTTTAGGTTTAAAACATTTACCTATTATCGCGACAATTGCACTTATCACGCTTTTTAATATATTGATTCATTTGGGCTTTGCGAGTGCAACAAGTTTATCATCAGCGTTAATACCTGTTTTTATTTCGCTAACCTCTACGTTACACTTAGGAGACCAGTCTATAGGATTTGT > BX571857/733859‑734051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |