| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571858 | 1 = | 0 (0.000) | 507 (1.100) | 143/170 | NT | 100% | intergenic (–/‑11) | –/pSAS01 | –/putative ABC transporter ATP binding protein |
| ? | BX571858 | = 20651 | 0 (0.000) | intergenic (+5/–) | pSAS24/– | putative exported protein/– | |||||
Only 100 of 577 total aligned reads displayed.
GATTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571858/97‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑TTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGATC < BX571858/20651‑20557 ATTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCc > 1:2981101/1‑96 ATTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCT < 1:2658670/97‑1 ATTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCT > 1:2371054/1‑97 TTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTC < 2:1016607/97‑1 TTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCA > 1:2523985/1‑97 TTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCA < 1:3055208/97‑1 TTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCAT > 2:350864/1‑97 TTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCAT > 1:2284651/1‑97 TTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTA < 1:613029/97‑1 TTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAA < 1:1355232/97‑1 TCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAA < 1:413069/97‑1 TCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAA < 2:1933714/97‑1 CAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAG < 1:2758990/97‑1 AAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGC > 2:2597456/1‑97 AAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGC < 1:3365770/97‑1 AATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTA > 1:1660541/1‑97 TTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGG > 2:3356129/1‑97 TTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGG < 1:2825012/97‑1 AAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTATAAATACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTACAAAGCTAGGAA > 2:1881178/1‑97 GTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT > 2:2879883/1‑97 GTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT > 2:1617435/1‑97 TTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATc < 2:1261971/97‑2 TTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATc > 2:1127694/1‑96 TACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATct > 1:787703/1‑95 TACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATct > 1:1449830/1‑95 ATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑CTTTt < 1:1052891/97‑2 TCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTG > 1:2572327/1‑97 TCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTG > 1:405809/1‑97 CCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGT < 1:3529077/97‑1 CCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGT < 1:3093549/97‑1 CGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAATAATTTTTCAAGTTTTATCAATATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCAAGGAATATCTTTTGTA > 2:366707/1‑97 CGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTA > 1:3515652/1‑97 CGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTA > 2:1541557/1‑97 TCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAAT > 2:3546759/1‑97 CTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCTGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATATTTTGTAATa > 2:2657270/1‑96 TAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGT < 1:3154607/97‑1 TAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGT > 1:1246089/1‑97 AAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAATTTTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGTAATATCTTTTGTAATGTA > 2:1078741/1‑97 AAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTA < 1:152480/97‑1 AAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTA < 2:1445383/97‑1 AAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTA < 1:2065158/97‑1 AAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTA < 2:2301995/97‑1 AAAATGTTTTTATTACCTTTTTTGACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTA < 2:157476/97‑1 AAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTAT < 1:1829692/97‑1 AATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATT > 2:1347481/1‑97 gttTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTC < 2:3417267/94‑1 ATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTC > 2:562109/1‑97 TGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCT < 2:2260612/97‑1 GTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTA > 1:2238633/1‑97 TTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTAT > 2:397027/1‑97 TTTGTTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTGTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCG < 2:463791/97‑1 TTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAATTTTTATCTCTAGCGGTCACCTCATTTGAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCG < 2:2081769/97‑1 TTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGA > 1:2453742/1‑97 ATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAAC > 2:2344263/1‑97 TTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACG > 1:12816/1‑97 TTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACAT < 2:850609/97‑1 TTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACAT < 1:3256466/97‑1 TTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATT < 1:1011927/97‑1 TTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTT < 2:2979557/97‑1 ACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCC < 1:3604952/97‑1 AAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTT > 1:1715457/1‑97 AAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTT < 2:2438618/97‑1 AAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTT > 2:607730/1‑97 AAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTA < 2:3335759/97‑1 AAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTA > 2:2019943/1‑97 AACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTAT > 1:2910175/1‑97 AACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTAT < 2:178142/97‑1 AACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTAT < 2:292621/97‑1 AACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTAT > 1:1090257/1‑97 ACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATG > 1:520061/1‑97 CATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGA < 2:3165266/97‑1 CATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGA > 2:917552/1‑97 CATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGA > 1:834649/1‑97 CATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGA > 1:988371/1‑97 TTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATT > 1:3682586/1‑97 TTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATT < 1:1193043/97‑1 TTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATT < 1:1563961/97‑1 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GGTCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGT > 1:2144272/1‑97 TCACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAG < 1:2308949/97‑1 CACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTCTGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGG > 1:177278/1‑97 CACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGG > 2:3679851/1‑97 ACCTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGA > 2:2713924/1‑97 CTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGATC < 1:3038027/97‑1 CTCATTTTAAAAAGCTAGGAATATCTTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGATC > 1:738252/1‑97 GATTTTCCTTTTTCAAAATTAAAGTTACATCCGTCTAAAATGTTTTTATTACCTTTTTTTACAAAAACATTTTCAAGTTTTATCACTATCGGTCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < BX571858/97‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cTCATTTTAAAAAGCTAGGAATAT‑TTTTGTAATGTATTCTATCGAACGCACATATTTCCCTTTATGATTTACTTTCACATATTCTTTTGTAGGATC < BX571858/20651‑20557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |