| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,778,123 | C→T | 5.6% | A1049T (GCA→ACA) | SAS2578 ← | collagen adhesin precursor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,778,123 | 0 | C | T | 5.6% | 275.7 / 2.4 | 83 | A1049T (GCA→ACA) | SAS2578 | collagen adhesin precursor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/27); new base T (2/3); total (53/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAT > BX571857/2778027‑2778148 | cATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGc > 2:753277/1‑97 (MQ=34) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGTCTGTGTTTTTTACTTGTTGACCTGTTGCTTTTTCTTCTAATCCTGcc > 1:547814/1‑97 (MQ=11) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGCCTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc < 2:1104548/97‑1 (MQ=18) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTCCTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc > 2:2643801/1‑97 (MQ=21) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc > 1:3608731/1‑97 (MQ=34) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc > 2:294381/1‑97 (MQ=34) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc > 2:2879840/1‑97 (MQ=34) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc < 2:2815085/97‑1 (MQ=33) ttGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGtcc > 2:38750/1‑97 (MQ=21) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGTGTGTTTATTTTACTTTTTTACCTATTTCATTTTCATCCCATCCTGTCCAc > 1:927318/1‑97 (MQ=11) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTCTCTTACTTGTTGACCTTCTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 2:2145441/1‑97 (MQ=255) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCaa > 1:1282977/1‑96 (MQ=21) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 1:1178947/1‑97 (MQ=34) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 1:195446/1‑97 (MQ=34) ttATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACg < 1:66006/97‑1 (MQ=33) tATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGt < 1:2579034/97‑1 (MQ=33) tATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGt < 1:1657929/97‑1 (MQ=34) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTa > 1:324044/1‑97 (MQ=34) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTa < 1:3290588/97‑1 (MQ=34) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTa > 1:118957/1‑97 (MQ=34) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTa > 2:3260960/1‑97 (MQ=34) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTa > 2:2219812/1‑97 (MQ=34) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTa > 2:2884277/1‑97 (MQ=34) aTCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTa > 2:2688526/1‑97 (MQ=34) tCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTAt < 2:3335441/97‑1 (MQ=33) tCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTAt < 1:2899117/97‑1 (MQ=33) tCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTAt > 1:291079/1‑97 (MQ=34) ccACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATg > 1:2271973/1‑97 (MQ=34) ccACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATg > 1:444976/1‑97 (MQ=34) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 2:1797435/1‑97 (MQ=34) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 2:929640/1‑97 (MQ=34) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 1:2150084/1‑97 (MQ=34) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 1:2392237/1‑97 (MQ=34) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 1:2804882/1‑97 (MQ=34) tcaTGTGTTGTATCACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTATggg < 2:927317/96‑1 (MQ=255) acaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATggg < 1:3449187/97‑1 (MQ=33) caTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGt > 1:1269992/1‑97 (MQ=34) caTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGt < 2:1778102/97‑1 (MQ=33) caTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGt < 1:543421/97‑1 (MQ=33) tgtgTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc < 1:3167991/97‑1 (MQ=33) ttgttttATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACGGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa < 2:1016272/96‑1 (MQ=255) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcct > 2:1471471/1‑96 (MQ=21) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa < 1:2736079/97‑1 (MQ=34) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa > 2:2490116/1‑97 (MQ=34) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa > 2:2687851/1‑97 (MQ=34) tgttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAg > 2:1276432/1‑97 (MQ=34) tgttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAg > 2:2292884/1‑97 (MQ=34) 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gttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGt < 1:1883521/97‑1 (MQ=33) gttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACATTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCCGt > 2:2556277/1‑97 (MQ=255) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt > 2:1486297/1‑97 (MQ=34) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt > 1:2860835/1‑97 (MQ=34) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt < 1:2952473/97‑1 (MQ=33) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt > 2:3022660/1‑97 (MQ=34) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt > 2:680892/1‑97 (MQ=34) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt < 1:2022718/97‑1 (MQ=33) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt > 2:2947600/1‑97 (MQ=34) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt < 1:2375862/97‑1 (MQ=33) tgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtta < 1:2235702/97‑1 (MQ=33) gtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttat > 2:1542143/1‑97 (MQ=34) gtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttat > 2:2034740/1‑97 (MQ=34) tataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatt > 1:761343/1‑97 (MQ=34) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta > 2:852353/1‑97 (MQ=34) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta < 1:3059244/97‑1 (MQ=33) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta < 2:2822726/97‑1 (MQ=33) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta < 1:1614925/97‑1 (MQ=34) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta > 1:3182209/1‑97 (MQ=34) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg < 2:1722825/97‑1 (MQ=33) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg > 1:1579462/1‑97 (MQ=33) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg < 2:2738129/97‑1 (MQ=33) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg > 1:727563/1‑97 (MQ=33) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg > 1:3234986/1‑97 (MQ=33) 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aCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 1:1854174/1‑97 (MQ=31) aCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 2:3408355/1‑97 (MQ=31) aCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 1:2244506/1‑97 (MQ=31) aCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 1:8507/1‑97 (MQ=31) aCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 1:796804/1‑97 (MQ=31) | CATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAT > BX571857/2778027‑2778148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |