| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BX571857 | 605,157 | T→C | 6.8% | D1007D (GAT→GAC) | SAS0521 → | bone sialoprotein‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 605,157 | 0 | T | C | 6.8% | 841.3 / 11.8 | 232 | D1007D (GAT→GAC) | SAS0521 | bone sialoprotein‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (109/100); new base C (15/5); total (127/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CAGACTCAGATAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGACTCAGAC > BX571857/605063‑605253 | cagactcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTc < 2:3457808/97‑1 (MQ=255) agactcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCa < 2:1387241/97‑1 (MQ=40) agactcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCa < 2:2127836/97‑1 (MQ=255) agactcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACGCAGACTCAGATAGCGAGTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCa < 2:2996638/97‑1 (MQ=255) actcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGa > 1:553807/1‑97 (MQ=255) actcagaTAGTGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGa < 2:323393/97‑1 (MQ=40) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |