| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,140,755 | A→T | 42.3% | E242V (GAA→GTA) | SAS1067 → | putative transport system extracellular binding lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,140,755 | 0 | A | T | 42.3% | 160.6 / inf | 202 | E242V (GAA→GTA) | SAS1067 | putative transport system extracellular binding lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/62); new base T (37/48); total (91/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
CGTCTAATACTGAAAATTTGTTGAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGAATTTAAACAGAATGATATTTGGAAACATTTTAAAGCTGTGAAAAATAATCATGTTTATGACTTAGAGGAAGTGCCATTCGGTATTACAGCAAATGT > BX571857/1140659‑1140851 | cGTCTAATACTGAAAATTTGTTGAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGa < 1:984202/97‑1 (MQ=255) gTCTAATACTGAAAATTTGTTGAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGaa < 2:797997/97‑1 (MQ=255) cTAATACTGAAAATTTGTTGAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGTAtt < 1:2550338/97‑1 (MQ=255) cTAATACTGAAAATTTGTTGAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGTAtt > 2:2610587/1‑97 (MQ=255) cTAATACTGAAAATTTGTTGAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGAAtt > 2:1165051/1‑97 (MQ=255) tAATACTGAAAATTTGTTGAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGAAttt < 1:798424/97‑1 (MQ=255) 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ttgttgAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGTATTTAAACAGAATGata < 1:3158791/97‑1 (MQ=255) ttgttgAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGAATTTAAACAGAATGata < 2:2572421/97‑1 (MQ=255) tgttgAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGTATTTAAACAGAATGatat < 2:3312432/97‑1 (MQ=255) tgttgAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGAATTTAAACAGAATGatat > 1:3592492/1‑97 (MQ=255) gAATATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGAATTTAAACAGAATGATATTTgg > 1:2374159/1‑97 (MQ=255) aaTATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGAATTTAAACAGAATGATATTTGGa < 2:284802/97‑1 (MQ=255) aaTATCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGAATTTAAACAGAATGATATTTGGa < 2:3341677/97‑1 (MQ=255) tatCAATCCAGATATTATTTTAAGATTACCACACGGAATGCCTGAAGAAGTTAAGAAAATGTTTCAAAAAGTATTTAAACAGAATGATATTTGGaaa < 1:1028030/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |