Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BX571857 | 1,252,438 | T→C | 100% | intergenic (+358/‑77) | SAS1171 → / → SAS1172 | signal recognition particle protein/30S ribosomal protein S16 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BX571857 | 1,252,438 | 0 | T | C | 100.0% | 890.4 / NA | 198 | intergenic (+358/‑77) | SAS1171/SAS1172 | signal recognition particle protein/30S ribosomal protein S16 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (102/96); total (102/96) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
TTATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTATAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAATTAAAACATGACTTAAAGGAGATTTTATAAATGGCAGTTAAAATTC > BX571857/1252345‑1252530 | ttATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACaaa > 1:3061626/1‑97 (MQ=255) ttATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACaaa < 1:410351/97‑1 (MQ=255) ttATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACaaa < 1:3276588/97‑1 (MQ=255) ttATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACaaa < 2:3536053/97‑1 (MQ=255) ataACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACa < 2:241078/97‑1 (MQ=255) ccTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTca < 1:2630086/97‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |