Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BX571857 | 1,252,438 | T→C | 100% | intergenic (+358/‑77) | SAS1171 → / → SAS1172 | signal recognition particle protein/30S ribosomal protein S16 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BX571857 | 1,252,438 | 0 | T | C | 100.0% | 829.2 / NA | 189 | intergenic (+358/‑77) | SAS1171/SAS1172 | signal recognition particle protein/30S ribosomal protein S16 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (111/78); total (111/78) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TTATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTATAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCTTGTAGAAAATAAAAATTAAAACATGACTTAAAGGAGATTTTATAAATGGCAGTTAAAATTCG > BX571857/1252345‑1252531 | ttATAACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAAc > 2:2372401/1‑98 (MQ=255) tataACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACa < 1:2794082/98‑1 (MQ=255) ataACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACAt > 2:2004153/1‑98 (MQ=255) taACCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGCAAAAGGTTCACTAATTTTCCTGGCAAAGAAAAAACCCCCTACAAACAtt > 2:952470/1‑98 (MQ=255) aaCCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTc < 2:3329194/98‑1 (MQ=255) aaCCTATTAACAGTCTAATTTAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTc > 1:3414718/1‑98 (MQ=255) 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tttAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATACTTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAAtatta < 1:3346162/98‑1 (MQ=255) tttAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAAtatta < 2:2230716/98‑1 (MQ=255) ttAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAAtattat < 2:2398352/98‑1 (MQ=255) ttAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTAAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAAtattat < 2:2911185/98‑1 (MQ=255) tAGTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATattatt > 1:1606250/1‑98 (MQ=255) gTAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTc > 2:2504553/1‑98 (MQ=255) tAATCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCt < 2:1566749/98‑1 (MQ=255) aaTCACATAGTTATTATTGTAAGAAAAAGGTTCAATAATTTTCCTGGTAAAGAAAAAACTCTTTACAAACATTCACACACCTGTTAATATTATTTCtt < 1:733827/98‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |