Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BX571857 | 1,434,365 | G→A | 13.2% | G144S (GGT→AGT) | SAS1338 → | putative tetrahydrodipicolinate acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BX571857 | 1,434,365 | 0 | G | A | 13.2% | 679.4 / 29.9 | 219 | G144S (GGT→AGT) | SAS1338 | putative tetrahydrodipicolinate acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (87/101); new base A (29/2); total (116/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGG > BX571857/1434268‑1434462 | tGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTg > 1:352111/1‑98 (MQ=255) tGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGGTACAACTg > 2:1336391/1‑98 (MQ=255) gTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGGTACCATTgg > 2:506724/1‑98 (MQ=255) tCGTTGGGATGGTCGCAGCTGTTAATGTTGGCGCGGTCGGTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGGATGCTGCTCGCGGTGGTCGTGCTACAACTGGt < 2:1360796/98‑1 (MQ=255) ttATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaa < 1:3114787/98‑1 (MQ=255) tATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaaa > 1:3503600/1‑98 (MQ=255) atgatgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaaaa < 1:384656/98‑1 (MQ=255) atgatgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaaaa < 1:1896740/98‑1 (MQ=255) atgatgCGCGTAACGATGAAGGTTGGCGCGGTCGGTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTTCTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaaaa < 2:677680/98‑1 (MQ=255) gatgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATg > 1:2212115/1‑98 (MQ=255) tgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTa < 2:792998/98‑1 (MQ=255) gggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAc > 1:3053314/1‑98 (MQ=255) gggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGGTACCATTAGAAAAAAAGTAc > 2:2390605/1‑98 (MQ=255) gcgcAACAATTAATGTTGGTGCTGCTGTTGGCGAAAGTACAACGATTGATATGAATGCTGCTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACAt < 2:124491/98‑1 (MQ=255) 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tCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGGTACCACTGGAAAAAATATACATGTAGGGGCTGGCGCAGCATTAGCa > 2:748986/1‑98 (MQ=255) tCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGGTACCACTAGAAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCa > 2:1855362/1‑98 (MQ=255) ggTTGGCGATGGTAGAATGATTGGTAGGAATGCTGCTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAg < 2:833525/97‑1 (MQ=255) cGTTGGCGAAGGTACAATGAGTGATATGAATGCTGCTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAg < 2:262399/98‑1 (MQ=255) ttGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgt > 1:1324521/1‑98 (MQ=255) tGGCGGAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgtg < 2:1141885/98‑1 (MQ=255) cGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGa < 1:1482324/98‑1 (MQ=255) cGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGa < 1:703861/98‑1 (MQ=255) 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aaTGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAcccc > 1:2591574/1‑98 (MQ=255) aTGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAccccc > 1:2978105/1‑98 (MQ=255) gattgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTa < 1:1168531/98‑1 (MQ=255) ttgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGt > 1:3447060/1‑98 (MQ=255) atGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATc < 1:479680/98‑1 (MQ=255) gAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCAc > 1:548388/1‑98 (MQ=255) gAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCAc < 2:2093732/98‑1 (MQ=255) aaTGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAGTGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCAcc < 2:2965959/98‑1 (MQ=255) aaTGCTACTCTCGGGGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCAct < 2:2474350/98‑2 (MQ=255) aaTGCGCCTCTCGGGGGTCGGGCGACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCAcc < 2:2720211/98‑1 (MQ=255) aTGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCACCg < 1:2750592/98‑1 (MQ=255) aTGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCACCg < 1:742528/98‑1 (MQ=255) tGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTACCATTAAAAAAAAAGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCACCgg > 2:3140703/1‑98 (MQ=255) gCTACTCTCGGTGGTCGCCGTACCATTAAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAACCCCTAGTGCATCACCGGt > 2:1878807/1‑98 (MQ=255) ctcctctCGGTGGTCGTGCTACAGCTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGTGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCACCGGtt < 2:3432401/95‑1 (MQ=255) cTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCACCGGtt < 2:1294952/98‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |