| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,472,161 | T→G | 5.1% | pseudogene (3556/5622 nt) | ebh ← | very large surface anchored protein (pseudogene) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,472,161 | 0 | T | G | 5.1% | 705.0 / 21.8 | 178 | pseudogene (3556/5622 nt) | ebh | very large surface anchored protein (pseudogene) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (74/94); new base G (5/4); total (80/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CATTTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTGGATTTTGATC > BX571857/1472065‑1472257 | tttttCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCg < 2:1113745/97‑1 (MQ=255) ttttCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGc < 1:1231945/97‑1 (MQ=255) ttttCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGc > 1:131441/1‑97 (MQ=255) tttCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCa < 1:480333/97‑1 (MQ=255) tCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCAtt < 2:2204033/97‑1 (MQ=255) cATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGtt < 2:1263413/97‑1 (MQ=255) tcttctTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTaa < 2:108538/97‑1 (MQ=255) tcttctTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTaa > 1:1600453/1‑97 (MQ=255) cttcttTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAAt < 1:2108298/97‑1 (MQ=255) cttTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTc < 2:256108/97‑1 (MQ=255) tttAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCg < 2:585691/97‑1 (MQ=255) ttAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGt < 2:179557/97‑1 (MQ=255) tAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGtt > 1:1005227/1‑97 (MQ=255) tAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGtt < 2:1449377/97‑1 (MQ=255) tAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGtt > 1:1829406/1‑97 (MQ=255) tAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGtt < 2:1315465/97‑1 (MQ=255) tAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGtt > 1:2413813/1‑97 (MQ=255) tAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGtt > 1:1005226/1‑97 (MQ=255) gCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTAt < 1:1194717/97‑1 (MQ=255) gCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTAt < 1:520522/97‑1 (MQ=255) ttCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGAc < 1:458329/97‑1 (MQ=255) ttCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGAc < 1:458193/97‑1 (MQ=255) tCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGAcc < 1:2185658/97‑1 (MQ=255) aCTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCtt < 2:128998/97‑1 (MQ=255) aCTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCtt < 1:818448/97‑1 (MQ=255) aCTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCtt < 1:567953/97‑1 (MQ=255) aCTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCtt < 1:1804295/97‑1 (MQ=255) aCTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCtt < 2:2249252/97‑1 (MQ=255) aCTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCtt < 2:2305739/97‑1 (MQ=255) aCTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCtt > 2:697350/1‑97 (MQ=255) 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ttGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTa < 1:1289557/97‑1 (MQ=255) tGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCGATTGCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTaa < 2:1381733/97‑1 (MQ=255) tGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTaa < 1:410592/97‑1 (MQ=255) tGTAATGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTaa < 2:729087/97‑1 (MQ=255) aaTGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGt > 1:1175208/1‑84 (MQ=39) aaTGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTc > 1:1510121/1‑97 (MQ=255) aTGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGCAGTATTTGGTTAATACg > 2:358032/1‑97 (MQ=255) aTGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCg < 1:1894806/97‑1 (MQ=255) aTGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCg > 1:1360015/1‑97 (MQ=255) aTGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCg < 1:2258625/97‑1 (MQ=255) aTGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCg < 1:2424531/97‑1 (MQ=255) tGCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGa < 2:1608485/97‑1 (MQ=255) gCTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGAt < 1:1847391/97‑1 (MQ=255) cTTGTGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATc < 1:920169/97‑1 (MQ=255) gCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTaa < 2:1882987/97‑1 (MQ=255) aGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTg < 2:2074473/97‑1 (MQ=255) 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cTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGttt < 1:441396/97‑1 (MQ=255) tttGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGtttt < 1:2306367/97‑1 (MQ=255) tttGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATACGATCTTTAAGTGCTTGtttt > 2:460557/1‑97 (MQ=25) ttGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGttttt > 1:1864868/1‑97 (MQ=255) tGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTc < 2:533074/97‑1 (MQ=255) ggCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTcc > 1:2045360/1‑97 (MQ=255) ggCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTcc > 1:2393375/1‑97 (MQ=255) gCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCt > 2:191064/1‑97 (MQ=255) 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aTTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTa < 2:1433034/97‑1 (MQ=255) tcttctTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGAt > 1:609896/1‑97 (MQ=255) tcttctTTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGAt > 1:108209/1‑97 (MQ=255) cttcttTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGCCCTTGTTGAAGTATTTGGTTGATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGAtt < 2:1708362/97‑1 (MQ=255) cttcttTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGAtt > 1:2355289/1‑97 (MQ=255) ttcttTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGAttt > 2:449394/1‑97 (MQ=255) ttcttTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGAttt > 1:1029917/1‑97 (MQ=255) tcttTAGTCATCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGGTTAATTCGATCTTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCTGTTAGATTTg < 1:2213373/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |