| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,778,533 | T→C | 5.9% | N912S (AAC→AGC) | SAS2578 ← | collagen adhesin precursor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,778,533 | 0 | T | C | 5.9% | 792.9 / 25.3 | 200 | N912S (AAC→AGC) | SAS2578 | collagen adhesin precursor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/109); new base C (4/8); total (83/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CGTTTTTACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTCACAATCAAGTTGCCCATATCATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTGACCTTTGTTAA > BX571857/2778436‑2778630 | cGTTTTTACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGt > 1:54358/1‑98 (MQ=39) tttttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTa > 2:1296646/1‑98 (MQ=255) tttttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTa > 2:2385454/1‑98 (MQ=255) ttttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTaa > 1:475359/1‑98 (MQ=255) ttttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTaa < 1:2122435/98‑1 (MQ=255) ttttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTaa < 2:2528338/98‑1 (MQ=255) ttttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTaa > 2:2022310/1‑98 (MQ=255) tttACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAAt > 2:66071/1‑98 (MQ=255) tACTTTCTCTCCATTAGCCCATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTg < 2:277617/98‑1 (MQ=255) tACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTg < 1:2555947/98‑1 (MQ=255) tACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTg < 1:100296/98‑1 (MQ=255) tACTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTg < 1:2013213/98‑1 (MQ=255) aCTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGa < 2:2397090/98‑1 (MQ=255) aCTTTCTCTCCATTAGCCAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGa < 2:1887520/98‑1 (MQ=255) 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cAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGCTAAt < 2:367668/78‑1 (MQ=12) cAATAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGCTAAt > 1:367712/1‑78 (MQ=255) aaTAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGtata < 1:1988275/98‑1 (MQ=255) aTAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTatat > 2:305379/1‑98 (MQ=255) tAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatt > 1:1713000/1‑98 (MQ=255) tAAATTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatt > 2:2205681/1‑98 (MQ=255) aTTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatttat < 1:624776/98‑1 (MQ=255) aTTTATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatttat < 1:1811129/98‑1 (MQ=255) tttATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatttatt < 2:2178736/98‑1 (MQ=40) tttATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatttatt < 1:215941/98‑1 (MQ=40) tttATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGCTaa > 2:104499/1‑70 (MQ=18) tttATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGCTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTAtatttatt < 2:1954964/98‑1 (MQ=17) ttATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTc > 2:2374498/1‑98 (MQ=38) ttATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTc < 1:2529844/98‑1 (MQ=39) ttATACTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTc < 1:272258/98‑1 (MQ=39) aCTGACTTTTTCTGGTCTCTTACCATCTTGATTGTCTTTGTCGTCCCATACTTTTTCACCGTTAATTGATGTTGTTTCTGGCGTATATTTATTCGTca > 2:693278/1‑98 (MQ=34) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |