| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 605,193 | T→C | 5.0% | D1019D (GAT→GAC) | SAS0521 → | bone sialoprotein‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 605,193 | 0 | T | C | 5.0% | 1453.0 / 11.8 | 388 | D1019D (GAT→GAC) | SAS0521 | bone sialoprotein‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (194/163); new base C (22/4); total (220/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 398 total aligned reads displayed.
TCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGAT > BX571857/605098‑605289 | cagactcagaTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTc > 2:1018773/1‑97 (MQ=255) cagactcagaCAGCGACTCAGACTCGGACAGCGAATCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTc < 2:3412826/97‑1 (MQ=255) gactcagaTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAg < 1:219014/97‑1 (MQ=255) actcagaTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGa < 1:156175/97‑1 (MQ=255) ctcagaTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGAc > 1:3353589/1‑97 (MQ=255) ctcagaTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGAc > 2:4459806/1‑97 (MQ=255) ctcagaTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGAc < 1:1980978/97‑1 (MQ=255) ctcagaCAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGAc < 2:1709704/97‑1 (MQ=11) cacagaTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGAc < 1:4155326/95‑1 (MQ=255) tcagaTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACa < 2:4220257/97‑1 (MQ=255) agaTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGt < 1:4212649/97‑1 (MQ=255) gaTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTg < 1:2821458/97‑1 (MQ=255) aTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTTAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTga > 1:18216/1‑97 (MQ=255) aTAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTga > 2:1173578/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |