Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,644,172 | T→C | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,644,172 | 0 | T | C | 99.6% | 660.3 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (138/141); minor base G (1/0); total (140/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GCGCCGATGCTTGAAGATTTACGCAGCGTGATGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTAGCCGAGCATCCTGCAGCGCGAAAAGAGTTATTGCCAGTAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCTTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGGCTCATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCGCTCGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGGCTAAGAACAAGAACGCC > CP042583/1643887‑1644456 | gcgcCGATGCTTGAAGATTTACGCAGCGTGATGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTa > 2:954902/1‑288 (MQ=255) gcgcCGATGCTTGAAGATTTACGCAGCGTGATGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTAc > 1:1606002/1‑289 (MQ=255) gcCGATGCTTGAAGATTTACGCAGCGTGATGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTT‑CGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCa > 1:911377/1‑289 (MQ=255) gCTTGAAGATTTACGCAGCGTGATGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCtt < 1:1723154/289‑1 (MQ=255) tttACGCAGCGTGATGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGt < 1:629273/289‑1 (MQ=255) aCGCAGCGTGATGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGc < 1:994726/289‑1 (MQ=255) cGTGATGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAACAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACttt > 2:1421857/1‑289 (MQ=255) cGTGATGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACttt > 1:1850431/1‑289 (MQ=255) cGTGATGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTAAAGTGAGGTCGAGGTGCTGTTAGTTCAACTTACGGGAGATTAACCGCTCGTACGCAAGCTTTGGACAGGTAGCAACttt > 2:437062/1‑289 (MQ=255) tGCATGAAGAAACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATcg < 1:346609/288‑1 (MQ=255) gaagaaACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCgctgc < 1:2252840/289‑1 (MQ=255) gaagaaACGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGGGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCGACGCATGCTTTGTAATGTGAGCAACTTTATCGCtctg > 2:1558814/1‑288 (MQ=255) cGCAAAGCTTTCTTGATAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCtt > 2:2114888/1‑288 (MQ=255) tAAGTTAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGaa < 1:515594/288‑1 (MQ=255) ttAATTCAGGATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTa > 2:703569/1‑287 (MQ=255) ggATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAg > 1:381620/1‑289 (MQ=255) gATGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAgg > 2:65271/1‑289 (MQ=255) aTGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTa < 1:72693/286‑1 (MQ=255) tGCGGGGTATCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACTGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGt < 2:637814/288‑1 (MQ=255) aTCCCGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATg < 1:237340/288‑1 (MQ=255) cccGTTGACAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGaa > 1:600018/1‑288 (MQ=255) aCAAGACGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACt > 1:1097739/1‑286 (MQ=255) cGTTTATTGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCa < 1:65271/287‑1 (MQ=255) ttGCCTACGGTGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTaa > 1:757974/1‑289 (MQ=255) tGAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGttttt > 2:883862/1‑289 (MQ=255) gAGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTc > 1:801891/1‑289 (MQ=255) aGTTAAGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGCGGTTAATATCGTTTTTc > 1:1200699/1‑288 (MQ=255) aGCGAACATATTTTGGGAGTATGTCACAAGGATCATTTCGATTTGTGGGTTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATa < 2:39820/289‑1 (MQ=255) aGCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATa > 1:200831/1‑289 (MQ=255) gCGAACATATTCTGGAAGTATGTCACGAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATa > 2:1149154/1‑288 (MQ=255) aCATATTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt > 1:1384244/1‑226 (MQ=255) 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atatTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCATCAAGTGAGGTCGATGTGATGTTAGTTCCACTTACGGGCGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTCGGAAAGGTAGCAACTTTAACGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAAATATCTGCTTTAGGTCGCTTATGAAGCACTCCTGCCAGCGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCa > 1:1998563/1‑289 (MQ=255) tatTCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAg < 1:1475399/289‑1 (MQ=255) ttCTGGAAGTATGTCACAAGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCGCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACt > 1:273539/1‑247 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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