| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 1,950,636 | T→C | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,950,636 | 0 | T | C | 99.6% | 563.4 / ‑5.4 | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (137/100); total (138/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
CGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGGCTGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACACTCATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTATTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGCACTGCGCAGGGAAACGCAGAATTCGCTTTGTTGTAAACTGAGATAGCCCGCAGAACCGGCGTACCATTCTCGGGTGAACGGTTCGTGACGGGCGATAAACTGTCGCGCCAGATCGCGCGGTAAGCCAGCAACTGCTGCCGTTGGCTGCAACTGA > CP042583/1950350‑1950921 | acacAGCACAAGATGCCCGAACCCACGCTCGTCAGAAGGGGAATGGTGAATGAATGCGGAATACGCCGCAGGCGCTAACGGTGACGGGGTAGAACGCGGGCCTGGGGCGATACAGATGTGTGTGACGCACTGACGCGTGAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGATACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTACTATTCCAt < 2:525639/286‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |