| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 664,979 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 664,979 | 0 | A | T | 99.4% | 744.9 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (152/158); minor base G (0/2); total (152/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 664,980 | 0 | G | C | 99.7% | 742.9 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (152/159); minor base A (0/1); total (152/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 664,981 | 0 | T | A | 99.7% | 747.5 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (152/159); minor base C (0/1); total (152/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
ACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAAAGCTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCAGTATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTAGTGGTACCACCTGGCTGGTGTTCAGCGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGGGTTACGTTACGGTATTCCTCGATCTGGTACTGGCTCCGGCAACACCGTCTAACACCGCGCGTGCGGGCGGCATTGTGTTACCGATCATCAACAGCGTGGCGGTGGCTTTGGGGTCCGAACCGGAAAAAAGTCCGCGTCGTGTCGGACATTACCTGATG > CP042583/664700‑665260 ||| aCAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacca < 2:835222/289‑1 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |