| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 665,741 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 665,741 | 0 | A | T | 99.7% | 728.3 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 665,742 | 0 | G | C | 100.0% | 723.5 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (141/164); total (141/164) | |||||||||||
| * | CP042583 | 665,743 | 0 | C | G | 99.7% | 722.5 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (141/163); total (141/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
AAATTAAGAAGGTGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTAAGCAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTGCCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCA > CP042583/665460‑666020 ||| ggATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAGTTAAATTCTTCGaa < 1:1044668/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |