| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 666,619 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 666,619 | 0 | A | T | 100.0% | 375.1 / NA | 160 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (74/86); total (74/86) | |||||||||||
| * | CP042583 | 666,620 | 0 | G | C | 100.0% | 380.1 / NA | 160 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (74/86); total (74/86) | |||||||||||
| * | CP042583 | 666,621 | 0 | T | A | 98.7% | 372.3 / ‑4.6 | 160 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (73/83); minor base G (1/1); total (74/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
ATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCAC‑GATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGAGTGACAGCCACACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCG > CP042583/666348‑666897 ||| tGAAAAAGTCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCAC‑GATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCggcggc < 2:659273/289‑1 (MQ=255) 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cTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGACAGCCACACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCCACTATCCGGGCGTGGTTgga > 1:9195/1‑287 (MQ=255) ||| ATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCAC‑GATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGAGTGACAGCCACACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCG > CP042583/666348‑666897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |