Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 673,617 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 673,617 | 0 | A | T | 98.4% | 429.3 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (79/104); minor base C (3/0); total (82/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.39e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 673,618 | 0 | G | C | 99.5% | 439.2 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (81/105); minor base T (1/0); total (82/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 673,619 | 0 | T | A | 99.5% | 440.2 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (82/105); minor base G (0/1); total (82/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GAACTTTTCCAGTAACGATTATTTAGGTTTAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATAGCCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCAGTTTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGAGCCAGCTTCGCCGTTTTGCTCATAACGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACGGGCGTTATCGGGGAGCAGGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCAGAA > CP042583/673340‑673898 ||| aaCTTTTCCAGTAACGATTATTTAGGTTTAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGaa > 1:1769918/1‑288 (MQ=255) tttCCAGTAACGATTATTTAGGTTTAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGc < 1:1070301/289‑1 (MQ=255) aGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTTCTGCCGACCGGCCTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGGTTAAGCCCGTTCGAGCTTctc > 2:754060/1‑286 (MQ=255) aGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGc > 1:2243589/1‑263 (MQ=255) 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atcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGTCGCAGCTTCGCCGTTTTGc < 1:452347/289‑1 (MQ=255) tcCGCAAATTTTCCGGGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTGGGGATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGTCGCAGCTTCGCCGTTTTGCt < 2:1769918/289‑1 (MQ=255) tcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGTCGCAGCTTCGCCGTTTTGCt < 1:937626/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |