Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 673,647 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 673,647 | 0 | A | T | 99.5% | 466.2 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (91/108); total (93/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 673,648 | 0 | G | C | 98.5% | 462.6 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (91/106); total (93/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 673,649 | 0 | C | G | 99.0% | 460.5 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (89/108); total (93/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATAGCCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCAGTTTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGAGCCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACGGGCGTTATCGGGGAGCAGGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCAGAATTGCTGGTAGTGACTTTTGGCAAAG > CP042583/673369‑673923 ||| tAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑c > 1:1081211/1‑288 (MQ=255) tcatcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGtttt > 1:616923/1‑289 (MQ=255) tcatcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGGTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGtttt > 1:1628771/1‑289 (MQ=255) atcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGc < 1:452347/289‑1 (MQ=255) tcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCt < 1:437790/289‑1 (MQ=255) tcCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCt < 1:211099/289‑1 (MQ=255) cgggCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCa < 1:886564/286‑1 (MQ=255) 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cagGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGgcgc > 2:2005838/1‑289 (MQ=255) gggAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGAttgc < 1:478545/287‑1 (MQ=255) cGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTGGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGAttgc < 1:229155/288‑1 (MQ=255) cagtttGGCATAGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATtgcttgct < 1:1962056/285‑1 (MQ=255) ttGGGATGGGGAGCGGCGGCGCCGGTGACGGGAGCGGTTATGGCGTGGTGCATCAGGATCTGGAAGAAGGGGTGGCCGAGTGGCTTGGCTAGTCTGGGGCTGTGCTGTTTATTGCTGATTTGGCCGGTAATCAGGTAGTTATTGCCGCGATGAGGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCGCATTGCTGGAAGCTGCCAGGTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTGGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTcccc < 2:288539/289‑1 (MQ=255) ttGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTcccc < 1:1713971/289‑1 (MQ=255) cATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGGTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCGTGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGGTTTAGCC‑CGTCGCAGCGT‑CGCCGGTTTGTTCATAA‑AGCTGTTCTCCATTTGCCGCGTTTTCTATTTTcccctcc > 2:1962056/1‑285 (MQ=255) gcGGTGGCGGCGGGTCCGGTAACGTCAGCGGTTATAGGGGGGTGCATCAGGAACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTc < 2:2094600/287‑1 (MQ=255) gcTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGAACGGCTTAGCCATGCCCCATTGCTGGGAGCTGCCAGGCTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTAACTCATTTGTAGACATTGCTTGCTTCTCCCTGCCCGGGTCCGCTAAt > 2:1231345/1‑289 (MQ=255) cTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAAt < 1:1247015/288‑1 (MQ=255) cGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAAtggtg < 1:50552/289‑1 (MQ=255) tCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGTCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATggtggt < 1:1863101/288‑1 (MQ=255) ggTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGc < 1:273931/288‑1 (MQ=255) ggTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGc < 1:1089849/288‑1 (MQ=255) gggtgCATCGGGCACTGGAAGAAGACCTGGCCGAGTGGCTTGGATATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTGTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCTGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCTGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGGCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCa < 2:633382/287‑1 (MQ=255) 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gCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGa < 1:1294788/288‑1 (MQ=255) gCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGa < 1:1748465/288‑1 (MQ=255) ctgCACTGGAAGAATGGCGGGCCTGTTGGCTTGGCTATTCGCGGGGACTGCTGTTTATCTCTGTGTTCGCCGCTAGTCAGGCAGTTTTTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCC‑CGTCGCAGCTT‑CGCCGTTTTGCTCATAA‑CGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGa < 2:1268434/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |