Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 682,937 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 682,937 | 0 | A | T | 100.0% | 680.9 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (144/141); total (144/141) | |||||||||||
* | CP042583 | 682,938 | 0 | G | C | 99.3% | 670.0 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (140/141); minor base T (2/0); total (144/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 682,939 | 0 | T | A | 98.9% | 675.5 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (141/140); minor base C (3/0); total (144/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
CCTCATCATTTTGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATAGTATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTAAGTGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGCTCTTTATGCTTTATAGCGCGCTGACGGGTCTTACGCTTTCCAGTATATTCATTGTCTATACCGCTGCTTCTATCGCCAGTACTTTCGTCGTTACTGCCGGGATGTTCGGCGCAATGAGCCTGTACGGTTACACCACGAAGCGCGATTTAAGTGGCTTTGGCAATATGCTGTTTATGGCGTTAATCGGCATTGTGCTGGCAAGCCTGGTCAACTTCTGGTTGAAAAGCGAAGCATTGATG > CP042583/682664‑683218 ||| ccTCATCATTTTGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCaaa > 1:1839573/1‑289 (MQ=255) atTTTGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAg < 2:75007/289‑1 (MQ=255) ttGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAgcgc > 1:1219159/1‑289 (MQ=255) ttGCAGTATCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGCTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTTTTGCCTGGTCTGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATCGCGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATTATCGCGCAATTAGCATTGGCTATTTGTTTATCAGCGATGAATCAAAAGCTTAgcgc > 2:446143/1‑289 (MQ=255) tCCTTAAGATATTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGTTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGTTGATTCAAAAGCTGCTCGCAGGTGTaa > 2:1227014/1‑289 (MQ=255) atTCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAgcg > 1:1928672/1‑270 (MQ=255) tCCTTATATCTTCAGGAGATCGTCATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAATTCCGCGGCCGTGATGGAGCTGTTGTTCACTAACCGTGTCTTTTTAATCGGTCTGATCATCGCGCAATTAGCATTGGTTATTGTGTTATCAGCGATGATTCAAAAGCTGAGCGCAGGTGTAACGACGATGctct > 1:2185489/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |