Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 438,748 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 438,748 | 0 | A | T | 98.8% | 602.1 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (130/123); minor base C (2/1); total (132/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 438,749 | 0 | G | C | 98.8% | 593.4 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (130/123); minor base A (1/2); total (132/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 438,750 | 0 | T | A | 98.8% | 601.7 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); major base A (131/121); minor base C (1/2); total (132/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTAGTCTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCAC‑CGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACAGCTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCTGATACCTGGAACG > CP042583/438471‑439027 ||| ggCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTTCCATTCTTAACCCGTGCATCTATACCGTCTTCGGCGGTATGCTGATTTTGGCGTTTTCACTGGTCgggg > 2:1738276/1‑288 (MQ=255) 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GGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTAGTCTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAAGCAGAAAACGGTGGCTTCCTGTTCCTGGTGGTGATTAACGCGGTAGTTGCGGTCTGGGCGGCAC‑CGGCGGTGAGCGCATCCGACTTTACGCAAAACGCCCACAGCTTTCGTGAGCAGGCGCTGGGGCAAACGCTGGGTTTAGTTGTGGCCTATATTCTGTTTGCGGTCGCCGGGGTATGTATTATTGCCGGAGCCAGTATTCACTACGGCGCTGATACCTGGAACG > CP042583/438471‑439027 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |