Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 697,902 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 697,902 | 0 | A | T | 99.2% | 562.6 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 697,903 | 0 | G | C | 100.0% | 569.9 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (126/115); total (126/115) | |||||||||||
* | CP042583 | 697,904 | 0 | C | G | 99.2% | 562.3 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (124/115); total (126/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
ATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCGGG > CP042583/697621‑698180 ||| tttACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑ca < 1:1805938/288‑1 (MQ=255) ttACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGATTGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTTGAAATCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑cag > 2:1963879/1‑288 (MQ=255) ttACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑cagc > 2:437122/1‑289 (MQ=255) ttACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑cag > 2:1539625/1‑288 (MQ=255) 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ttGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTaa > 2:170375/1‑289 (MQ=255) ttGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTa < 2:336428/288‑1 (MQ=255) gTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCg > 1:292394/1‑147 (MQ=255) cAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGa > 2:1136774/1‑263 (MQ=255) cAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGa < 1:1136774/263‑1 (MQ=255) cAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCg > 1:1386893/1‑289 (MQ=255) aGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGgc < 1:695752/289‑1 (MQ=255) gCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGaa < 2:445382/160‑1 (MQ=255) gCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCggg > 1:1626722/1‑289 (MQ=255) ||| ATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAT‑CACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATT‑CAGCAGGTTGGGCGACTGATT‑CGAAGCCACGGTTGCTGGGGC‑GAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCGGG > CP042583/697621‑698180 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |