Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 699,596 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 699,596 | 0 | A | T | 98.7% | 555.0 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (108/128); minor base C (3/0); total (111/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.87e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 699,597 | 0 | G | C | 99.2% | 554.6 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (110/127); total (111/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 699,598 | 0 | C | G | 99.6% | 555.9 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (110/127); total (111/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
AGCGAGGAACAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATAGTCATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACAGCCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAA > CP042583/699317‑699873 ||| aGCGAGGAACAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACACGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGcatcat < 2:456399/288‑1 (MQ=255) ggacaaagaagCGAAATTAGTTGCGGTTAATTTAA‑CGAGGGAAAAGTGGGCAGGGCATGATTCAGGTGGTCCTGGGATGATCCCAAGCTATGTACGCTACTGGAGGCAGGGGCATCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGGTAAGGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTAGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATATCTCGCATCATATCgg < 2:1294651/283‑1 (MQ=255) ggAACAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCgg < 1:841280/288‑1 (MQ=255) ggAAAAAGAAGCGAAATTAGTTGCCTATCATTTAATCGCGGCGAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCgg < 2:488404/288‑1 (MQ=255) aaCAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGcc < 1:883537/288‑1 (MQ=255) aagaagCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTAt < 1:1518689/289‑1 (MQ=255) gCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGGGGCGGTCACGCGCGATCGGGATCGCGCATTTGGCTCGGTCGCGGAACATGCAGAGATGGCGCTGGGGGTGGGGAAAGCGCGTCAGCACGGGATTGCCCCCGTGGCGCTAAATAACTCGCCGCATATCGGCCGGATCGGtt > 2:341108/1‑289 (MQ=255) gAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTa < 1:2191675/288‑1 (MQ=255) aaTTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACt < 1:637454/288‑1 (MQ=255) aGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCg > 1:768484/1‑289 (MQ=255) tgccgtagctttACTCGGGGAAAACAT‑GGCAGGGAATGATTCCCATGGGATTGGCGTGATCCCAAGCGATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATAATGCCAAAACCGTTAAAGGGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAg < 2:39352/280‑1 (MQ=255) tGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAg < 2:148216/289‑1 (MQ=255) tGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAg < 2:183555/289‑1 (MQ=255) cATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACt < 1:694006/274‑1 (MQ=255) tttAATCGGGGACAACCT‑GGACGGGGATGATTCACATGGTGTTGGCATGATCCCAAGGTCTGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACATGCAAATTCACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCa < 2:2102956/289‑1 (MQ=255) tttAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATTCACATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTTCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATTGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCa < 2:433685/289‑1 (MQ=255) 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cATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCg > 1:1228574/1‑289 (MQ=255) tGGGATTGGCATGATCCCAAGCTAGGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCAAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCGTg < 1:229035/289‑1 (MQ=255) gTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCCCTATCCA‑CGTTGTTAGCGTGGt > 1:922190/1‑289 (MQ=255) tATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACt < 1:1495712/233‑1 (MQ=255) tATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCGTGGt < 1:825467/288‑1 (MQ=255) tATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCGTGGt < 1:1275113/288‑1 (MQ=255) 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aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCaa > 1:503293/1‑289 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCaa > 1:1646384/1‑289 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGGTTGGCTCTTTCCA‑CTTTGGTAGCGTGGTCGGTGTTCCa > 2:778259/1‑288 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGGTTCTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTTTTAGCGGGGTCGGTTTTccca > 2:518887/1‑287 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGCATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCaa > 1:1336592/1‑289 (MQ=255) aTCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCCATGGCGCTGGGGATTGAGAAAACGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACCTAACTCGCATCAATTCGGCCGTCTCGGGTACTTGGCGGAGCCGTGTGCAGCGGCTGGGTTTTGTTCTATCCAGCTTTG‑TAGCGGTGTCGGGATTACa > 2:1880690/1‑288 (MQ=255) 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1:678817/1‑289 (MQ=255) gTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCCTAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTTCCCGTTTTACg > 2:28778/1‑289 (MQ=255) gTGGCGCTACATAACTCGCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCCCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCCTAAAGGCGTCCCCGTGCCCCCAGCTTGCCTGATTGACg > 2:202208/1‑289 (MQ=255) ||| AGCGAGGAACAAGAAGCGAAATTAGTTGCCGATCATTTAATCGCGGCAAACCT‑GGCAGGGCATGATAGTCATGGTATTGGCATGATCCCAAGCTATGTACGCTCCTGGAGTCAGGGGCACCTGCAAATTAACCATCATGCCAAAACCGTTAAAGAGGCGGGGGCGGCGGTCACGCTCGATGGCGATCGCGCATTTGGTCAGGTCGCGGCACATGAAGCGATGGCGCTGGGGATTGAGAAAGCGCATCAGCACGGTATTGCCGCCGTGGCGCTACATAACAGCCATCATATCGGCCGTATCGGTTACTGGGCGGAGCAGTGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCA‑CTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAA > CP042583/699317‑699873 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |