Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 700,769 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 700,769 | 0 | A | T | 99.3% | 711.0 / ‑6.3 | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (141/157); total (142/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 700,770 | 0 | C | G | 99.7% | 712.0 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (142/157); minor base T (0/1); total (142/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 700,771 | 0 | T | A | 100.0% | 720.3 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (142/158); total (142/158) |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
ACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTT‑CCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAAACTCAGAGTACTAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCAAAAT > CP042583/700493‑701047 ||| aCGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTT‑CCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGttgaa > 1:196355/1‑285 (MQ=255) 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ccgccgCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGac > 2:712282/1‑289 (MQ=255) gcgAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCa > 1:2017671/1‑289 (MQ=255) aaCACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCaaaa > 2:499164/1‑289 (MQ=255) ||| ACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTT‑CCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGTGCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAAACTCAGAGTACTAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAATCGAAGAGAATTGACCGCCTTGTTCAAATAAATTGATTGATATCTAACCTACTGATAAACCATTTATTTGTTGTACTTATGAACTTGTTTTATACCGCGTGGCAGTCACAGCAGCGTTAAAGGCACGGAATGACACGCAAAAT > CP042583/700493‑701047 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |