| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 702,218 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 702,218 | 0 | A | T | 99.7% | 755.8 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (152/164); minor base G (1/0); total (153/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 702,219 | 0 | C | G | 99.1% | 751.9 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (151/162); minor base T (2/1); total (153/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 702,220 | 0 | T | A | 99.1% | 748.3 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (150/163); minor base C (3/0); total (153/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
CGTATAACGTGCTGCGGGTGTCGACCTGTTGATTGTTCTTAACTTGCGCACCTTGTGCGCCGGTGGTGACGCGTCCATCCACCCATTCGGCTTGTTCCAGTTGTTCGCGAAAACGAGCGACGTCCTGTGGGCTTAACACGCCGGGAATGTGGTACATCATACAATTTCTCCAAAAAGTGGGGCCTGCGCCCCACATCTGAATCAGAAATGCATATTGGCTGTGAGCAAGAAGGTTCTTGGCTCGCCCGGGTGATAACGGTAGCCGCTCTTGTTGATACTGGCGACGTAATCGGTATCAAACAGGTTGTAAACGTTTAGCTGGAAGTCGAGATTGCGATTAACTCGATACCCCAGTTTGGCATCGGCGACCCAGTAACCTTCGGTAAACGCTGGCGTTCCCACCGCGCCGTCACTACCTTTATGCATACTGCCGATATAGCGTGCGCCCGCGCCAACAGAGATATCGTCGGTTGCCTGATATTGGCTCCATAAGGTGAAGGCGTGCTCCGGGGTATACGGCAGGCTACTGGAACCATCCTGGGCAACATCTTTGCCG > CP042583/701942‑702497 ||| gTATAACGTGCTGCGGGTGTCGACCTGTTGATTGTTCTTAACTTGCGCACCTTGTGCGCCGGTGGTGACGCGTCCATCCACCCATTCGGCTTGTTCCAGTTGTTCGCAAAAACGAGCGACGTCCTGTGGCGATAACACGCCGGGAATGTGGTACATCATACAATTTCTCCAAAAAGTGGGGCCTGCGCCCCACATCTGAATCAGAAATGCATATTGGCTGTGAGCAAGAAGGTTCTTGGCTCGCCCGGGTGATAACGGTAGCCGCTCTTGTTGATTGAGGCGACGTAAt < 2:607768/289‑1 (MQ=255) 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CGTATAACGTGCTGCGGGTGTCGACCTGTTGATTGTTCTTAACTTGCGCACCTTGTGCGCCGGTGGTGACGCGTCCATCCACCCATTCGGCTTGTTCCAGTTGTTCGCGAAAACGAGCGACGTCCTGTGGGCTTAACACGCCGGGAATGTGGTACATCATACAATTTCTCCAAAAAGTGGGGCCTGCGCCCCACATCTGAATCAGAAATGCATATTGGCTGTGAGCAAGAAGGTTCTTGGCTCGCCCGGGTGATAACGGTAGCCGCTCTTGTTGATACTGGCGACGTAATCGGTATCAAACAGGTTGTAAACGTTTAGCTGGAAGTCGAGATTGCGATTAACTCGATACCCCAGTTTGGCATCGGCGACCCAGTAACCTTCGGTAAACGCTGGCGTTCCCACCGCGCCGTCACTACCTTTATGCATACTGCCGATATAGCGTGCGCCCGCGCCAACAGAGATATCGTCGGTTGCCTGATATTGGCTCCATAAGGTGAAGGCGTGCTCCGGGGTATACGGCAGGCTACTGGAACCATCCTGGGCAACATCTTTGCCG > CP042583/701942‑702497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |