Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 702,899 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 702,899 | 0 | G | C | 99.6% | 561.1 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 702,900 | 0 | C | G | 99.6% | 556.0 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (121/114); total (123/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 702,901 | 0 | T | A | 99.2% | 554.8 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (121/115); total (123/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GTCATCATTTTGCTCAACTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCGCTCTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAAATCACGGGTGATTTGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGGATGATAAATATTTACCGCG > CP042583/702620‑703178 ||| ttttGTTCAACTTCATTTTCGATATCGGTGCGGACAAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGa < 2:2064818/289‑1 (MQ=255) cgaCTTCATTTTGCATATCGGTGGGGAACAGGGCGGGGGTGGACAACTGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTGTTTGCGGTTTAAAAGCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACggtggt < 2:2054367/287‑1 (MQ=255) cAACTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACggtggt < 1:1303151/289‑1 (MQ=255) aaCTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGACCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAACCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACGGTTACCGCTGCCAGACGTCGCAAGGGCGAAGTGGTTGCCGACCGGTGGCCGCTGGGACACGTCATAGCTAATCTAGACACGTCTGTTTTCCGTCTGGCGATACAGCCACCCGCCTTTCCCCTGCATCAGATCACCCGTCTTGGGTGTGTTGACgcggctc > 2:1900756/1‑283 (MQ=255) 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tGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCca > 2:443130/1‑288 (MQ=255) cGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCcaca < 2:1836128/288‑1 (MQ=255) cgcgGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCGAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTCAAATCGGTTCGGTTCGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCTAAGTTGTTGCCGCCCGGCGGCTGCTGTGAAACGGCATATGTAATATACACATTGGCGTTTTCCGTCAGGTGCTACAGCGCCCCGGCTTCCCAGTTCAGCAGGTTGCCCTACTTTGCGGGGTCGTGCGTGGTGACCGGAGTGCCTTTTGCCACACCAGTTggg > 2:2159665/1‑289 (MQ=255) 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gTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCa < 2:577211/288‑1 (MQ=255) gTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCa < 1:965534/288‑1 (MQ=255) gTGCCAATCTCGCTGAGGTTGTGTTTTGGCGGTTTAGAGTCGTGTCGTTTGGGACTGTAGCCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTCGTTGCCGCCCGGAGGCTTCGGGTAAACGGCATAGTTAATGTAGTCATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGTTACCGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCTGCTTGCCCGACTTGGCGGGGTCGACGGTGGTGACCGGGGACCCTTTTGCCACACCGGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCa < 2:1365802/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |