Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 461,562 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 461,562 | 0 | A | T | 99.7% | 711.5 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (143/152); minor base C (1/0); total (145/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 461,563 | 0 | G | C | 100.0% | 706.5 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (145/152); total (145/152) | |||||||||||
* | CP042583 | 461,564 | 0 | C | G | 99.3% | 701.5 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (144/151); total (145/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GTTTCAAATTTGACCTGACGGCGGGCGATTTTCGTAGCGGTAATAGTCAGCAAAGTAGCCCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGAGCCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAAAGCATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATAGCACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATAC > CP042583/461284‑461842 ||| gTTTCAAATTTGACCTGACGGCGGGCGATTTTCGTAGCGGTAATAGTCAGCAATCATCGCCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAaca > 1:1930325/1‑288 (MQ=255) ttCAAATTTGACCTGACGGCGGGCGATTTTCGTAGCGGTAATAGTCAGCAATCATCGCCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCACAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCt > 1:462323/1‑289 (MQ=255) gcgATTTTCGTAGCGGTAATAGTCAGCAATCATCGCCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTaa < 2:745373/288‑1 (MQ=255) gTAATAGTCAGCAATCATCGCCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCCCCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCtattc > 1:438327/1‑287 (MQ=255) cagcaatcatcgccTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACaa < 2:1116038/276‑1 (MQ=255) cagcaatcatcgccTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATGTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACaa < 1:1396667/276‑1 (MQ=255) agcaatcatcgccTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAgg > 1:932283/12‑289 (MQ=255) agcaatcatcgccTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAACCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCAGTCGCGCAGTCAGGTAGCCGACGCCATTCGGCATGAGGGGGATTCCATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCCGTTTATGGGTTACCGCTATTCGACACAAgg > 2:1396667/12‑289 (MQ=255) ccccgccTTTCTTGTTGCAGGGAACGGCACTCAGCGATTTAACACAGTAAGTTACTGCCTACGGCGGGACGAAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGTGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTta < 2:1380575/284‑1 (MQ=255) catcgccTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTta < 1:419393/284‑1 (MQ=255) 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tcgccTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCAGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTtata < 2:529722/286‑1 (MQ=255) ttttttCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTtgatg < 1:1104593/289‑1 (MQ=255) ttttttCAGGGGACGACTCTCGGGGGTTTCCCACAGGTATTTGCTGGCTACGGCGGGACACAATTTTCTGCCACTTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCGATCGCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCCGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTtgatg < 2:1443736/289‑1 (MQ=255) ttttCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCCTGCGCGCAGTCAGTTAACCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTCATGGGTTACCGCTATTCGACACACGGTTTTTTGACCCTTgaggat > 2:991120/1‑289 (MQ=255) cGGCACTACGCGGTTTACCCAAGGGAGGTACTGCATACGGGGGGGCGCAATTGTCCGCCAAATACAACGGCTTTTTTGTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTAtcg < 2:2221856/289‑1 (MQ=255) ggCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTtga < 2:1511066/273‑1 (MQ=255) 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tttACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAgggg > 1:1474476/1‑289 (MQ=255) tttACCAAAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTAGTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAggg < 1:972326/288‑1 (MQ=255) acaGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGaa < 1:572447/289‑1 (MQ=255) gAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAAtttt > 1:1142665/1‑204 (MQ=255) gAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAAtttt < 2:1142665/204‑1 (MQ=255) acatgcgtgcggcggGACGCAATTATCTGACAGGTGCACCGCCTTTTTTTTAGGGAGGGGGGGCAATCTCGGGAGCTGGGGCGCAGTGTGGTTGGATGTAACGCATGCGTGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTAGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATTCGAAATCGATGAACACCTTCGGATCCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATAttatta < 2:1944306/279‑1 (MQ=255) cggCCTACGGAGGGACGCAATTATCGGCCAATTACCCCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTacg < 2:1152312/286‑1 (MQ=255) tGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGa > 2:1678975/1‑262 (MQ=255) tGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGa < 1:1678975/262‑1 (MQ=255) 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aTGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTCGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACttcggattcagatac < 1:2103251/289‑15 (MQ=255) ||| GTTTCAAATTTGACCTGACGGCGGGCGATTTTCGTAGCGGTAATAGTCAGCAAAGTAGCCCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGAGCCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAAAGCATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATAGCACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATAC > CP042583/461284‑461842 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |