Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 703,433 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 703,433 | 0 | G | C | 99.6% | 561.7 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 703,434 | 0 | C | G | 99.6% | 559.8 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (114/122); minor base T (1/0); total (115/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 703,435 | 0 | T | A | 99.2% | 557.2 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (114/120); minor base C (1/1); total (115/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
GTCAGGATGATAAATATTTACCGCGGGTAACGTCACCGGATTAACGCCGTAGTTAGTCTGCGTTTCACGGGTAAATTCCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTGCTGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGACTCCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTGCTCGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGGCTCCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGT‑GCTATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACA > CP042583/703154‑703712 ||| gTCAGGATGATAAATATTTACCGCGGGTAACGTCACCGGATTAACGCCGTAGTTAGTCTGCGTTTCACGGGTAAATTCCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACgg < 2:1104317/289‑1 (MQ=255) cAGGATGATAAATATTTACCGCGGGTAACGTCACCGGATTAACGCCGTAGTTAGTCTGCGTTTCACGGGTAAATTCCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACggg < 1:2087458/288‑1 (MQ=255) cAGGATGATAAATATTTACCGCGGGTAACGTCACCGGATTAACGCCGTAGTTAGTCTGCGTTTCACGGGTAAATTCCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACggg < 1:1193140/288‑1 (MQ=255) gatAAATATTTACCGCGGGTAACGTCACCGGATTAACGCCGTAGTTAGTCTGCGTTTCACGGGTAAATTCCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTAtt < 1:773104/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |