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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 461,612 | 0 | C | G | 99.3% | 692.7 / ‑4.9 | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (138/154); minor base A (1/1); total (140/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
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aCCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTAACAATCACTTAATGACTTTGTCTCGCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATAATGGAATACGTAG‑GATTCAGATACGTGGTATCAGTTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTtattc > 2:2171631/1‑287 (MQ=255) ||| CAGCAAAGTAGCCCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGAGCCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAAAGCATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATAGCACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATAC‑TAGCGATAGTGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATAG > CP042583/461331‑461890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |