Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 711,779 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 711,779 | 0 | A | T | 99.6% | 674.8 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 711,780 | 0 | C | G | 100.0% | 670.4 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (119/161); total (119/161) | |||||||||||
* | CP042583 | 711,781 | 0 | T | A | 99.6% | 662.1 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (117/161); total (119/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
GGTTTTGCTGTTGATAACTTGAGTGGTCCCCAGAGCTACACCGCCCAGCTGCACTGCACGTTCTGCCATGGTATCCAGATGATCGATCAGTGCGGTGCGGAAGCCATCCAGCATTTCATGTACGGCAATGAAGTTAGCGCCGCGCATGTTCCAGTGCGCTTGTTTGGTAATCAAAGAAAGATCAATAAACTGGATAACCTGGCGATTCAGCAACTCTACTGTTGCTTTTTTCTCGCTGTCGGAGACATCGTTGCGGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTACTTTTAACTAATTTAGCGGTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAACAAGCGTGAAAAACAAAACTAATAAAGATTCAATGAGTTAGATATATTGATAAGAACAATTCTTATTTATCTGCTCGCCAGGAATTTTCGGAATAAATATGCTTTTGCATAATTCGATATATAAAGACGGTGTAGAGGAAAAGTAGCG > CP042583/711500‑712060 ||| ggTTTTGCTGTTGATAACTTGAGTGGTCCCCAGAGCTACACCGCCCAGCTGCACTGCACGTTCTGCCATGGTATCCAGATGATCGATCAGTGCGGTGCGGAAGCCATCCAGCATTTCATGTACGGCAATGAAGTTAGCGCCGCGCATGTTCCAGTGCGCTTGTTTGGTAATCAAAGAAAGATCAATAAACTGGATAACCTGGCGATTCAGCAACTCTACTGTTGCTTTTTTCTCGCTGTCGGAGACATCGTTGCGGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAAc < 1:1541309/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |