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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 461,903 | 0 | C | G | 97.8% | 642.3 / 7.6 | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (142/128); minor base . (5/1); total (147/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
CCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTT‑A‑TAGC‑CTCAGTTTTAGCTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTAGTGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCAGCAATAATGGGTACACGGGCAGCGCC > CP042583/461629‑462164 ||| cccTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTT‑A‑TTCG‑CTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGt > 2:812840/1‑289 (MQ=255) 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gcTGGGTTGGCATCAGTT‑A‑TTCG‑CTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTa > 1:155728/1‑247 (MQ=255) gcTGGGTTGGCATCAGTT‑A‑TTCG‑CTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTGACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCCCGAATAATGGGTACACgg > 1:509878/1‑288 (MQ=255) gcTGGGTTGGCATCAGTT‑A‑TTCG‑CTCCCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTGACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGCGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCTCGAATAATGGGTACACgg > 1:680255/1‑288 (MQ=255) ggTTGGCATCAGTT‑A‑TTCG‑CTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTa > 1:1124461/1‑243 (MQ=255) ggTTGGCATCAGTT‑A‑TTCG‑CTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCTCGAATAATGGGTACACGGGCAgc > 2:554259/1‑289 (MQ=255) ||| CCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTT‑A‑TAGC‑CTCAGTTTTAGCTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTAGTGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCAGCAATAATGGGTACACGGGCAGCGCC > CP042583/461629‑462164 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |