Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 733,918 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 733,918 | 0 | A | T | 99.7% | 663.6 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 733,919 | 0 | G | C | 99.3% | 651.8 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (126/154); total (126/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 733,920 | 0 | C | G | 100.0% | 674.0 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (126/157); total (126/157) |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GACTTCCTGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAAAGCCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGAGCGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCAGCGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATT > CP042583/733640‑734195 ||| ccTGGCTCAGGCACTGAAAACTAATGATCCGGCGGAAAAGACCCGCTTATATAAGGCGGCGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGtttt > 1:1957277/1‑289 (MQ=255) 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atagaAGGGGGCGCAGGTTATCATCTGGAAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGc < 2:1777893/289‑1 (MQ=255) ggcggcGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTAtt < 2:1676647/239‑1 (MQ=255) ggcggcGCAGGATATCATCTGGCAAGAATCGCCGTGGATCCCGCTGGTGGTAGAAAAACTGGTGTCGGCACACAGTAAAAACCTGACCGGTTTTTGGATCATGCCAGACACCGGCTTCAGCTTTGAAGACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGaa > 2:11990/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |