Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 734,704 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 734,704 | 0 | A | T | 100.0% | 605.6 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 734,705 | 0 | G | C | 99.6% | 597.9 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (130/125); minor base T (0/1); total (130/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 734,706 | 0 | C | G | 99.6% | 603.4 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (130/125); total (130/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CGCTTTACCCGCGCGAGCTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCAGCCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAAGGATGCGACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCC > CP042583/734428‑734978 ||| cgcTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTa > 2:517109/1‑289 (MQ=255) gcTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTa < 1:289646/288‑1 (MQ=255) gcgtcgtttGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACt > 1:1853344/7‑289 (MQ=255) cgtcgtttGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGCTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCAATCGTTGTGGAGAAAGTTTTAAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCAGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACtt > 1:1378953/6‑289 (MQ=255) gtcgtttGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACtt < 1:2066686/284‑1 (MQ=255) cgagtgtttAAGCGAAGATTAGATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGTTCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGAt < 2:1499314/283‑1 (MQ=255) cGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGAt < 1:1464654/289‑1 (MQ=255) 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tGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTaa > 1:1033454/1‑284 (MQ=255) tGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTaa < 2:1033454/284‑1 (MQ=255) tGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAAGGAt > 1:2252038/1‑288 (MQ=255) 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tGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAAGGATGCGACTATTTAACTGGc < 2:1360667/289‑1 (MQ=255) tCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTCACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAAGGATGCGACTATTTAACTGGCg > 2:459452/1‑288 (MQ=255) aaaCACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCCGGCGGACATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACCAGTAAGGATGCGACTATTTAACTGGCGACgccc > 2:227391/1‑286 (MQ=255) 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ggCGGAAATTCTGCTTTTCTCGCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAAGGATGCGACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCCTGATCGCTCCCTATg > 2:794129/1‑289 (MQ=255) ||| CGCTTTACCCGCGCGAGCTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTAGTGACCATGATGGGCTTACAGTTTGGCTTTTTGCTCGGTGGTTCCATCGTTGTGGAGAAAGTTTTCAACTGGCCGGGACTTGGACGCTTACTCGTTGACTCCGTAGAAATGCGTGATTACCCGGTGATTCAGGCGGAAATTCTGCTTTTCAGCCTGGAATTTATTCTTATCAACTTAGTGGTGGATGTGCTTTACGCCGCCATTAACCCGGCTATCAGGTACAAGTAAGGATGCGACTATTTAACTGGCGACGTCAGGCGGTGTTAAACGCCATGCCACTGGTCAAACCTGACCAGGTACGTACACCGTGGCATGAATTCTGGCGACGATTTCGCCGTCAGCATATGGCGATGACCGCCGCATTATTCGTTATTTTATTGATTGTGGTGGCCATTTTTGCACGCTGGATCGCTCCCTATGACGCC > CP042583/734428‑734978 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |