| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 736,305 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 736,306 | 0 | G | C | 100.0% | 491.6 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (93/113); total (93/113) | |||||||||||
| * | CP042583 | 736,307 | 0 | C | G | 99.5% | 485.3 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (93/112); minor base T (0/1); total (93/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
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tttttGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGT‑GGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCAGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATAT‑CTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAACTCGCTCGTGa < 2:563399/289‑1 (MQ=255) gATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGT‑GGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATAT‑CTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAACTCGCTCGTGAAAAACTGa < 1:1900212/289‑1 (MQ=255) gATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGT‑GGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATAT‑CTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAACTCGCTCGTGAAAAACTGa < 2:1996084/289‑1 (MQ=255) ||| CGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTAGCGCCCTGACATTAAAGGACAGTCTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACAGCGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTAGCCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGAGTGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCAAGCAAACGACCGTGGAGCGT‑GGCTAGTGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATAT‑CTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAACTCGCTCGTGAAAAACTGATT > CP042583/736031‑736583 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |