| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 739,387 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 739,387 | 0 | A | T | 99.6% | 546.9 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 739,388 | 0 | G | C | 99.6% | 547.2 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (113/120); total (113/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 739,389 | 0 | C | G | 99.6% | 548.0 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (112/121); minor base A (1/0); total (113/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
AGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCA > CP042583/739108‑739667 ||| tcggcgTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTaa > 2:2112116/4‑289 (MQ=255) 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gttgaaaGATTTGCTATGGATTCTACAGTAAATAGTTCATATCCAGATGGGAAGGAGTAATTCAAGTACCACTATGGGTGATGGCCATGCAAATGAATGTCCTACCGTCGGACGCTTGAAAATGGTGGCGGATGAGCGGATGTATAAGAGTAGGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCCCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTAATCATCGGCGTGTTCGACTTTGACACGCa < 2:114008/284‑1 (MQ=255) ggAAGAGTTGCTATCGATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTAGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATTCAAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGAACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCAGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATGAATTACATCCGGCTACCCCACACAACGTACTCATCGGCGTGCCAGACTTTCACACGCAgac > 2:335704/1‑287 (MQ=255) gAAGAGTTGCTATCGATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATTCAAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTAATCGGCTTGCTCGACTTTCCCACGCAGGat > 2:442192/1‑289 (MQ=255) ||| AGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCA > CP042583/739108‑739667 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |