| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 740,249 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 740,249 | 0 | G | C | 100.0% | 624.3 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 740,250 | 0 | C | G | 100.0% | 621.4 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (133/129); total (133/129) | |||||||||||
| * | CP042583 | 740,251 | 0 | T | A | 99.6% | 620.7 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (133/127); total (133/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CGAGTAGCATCTGGAAATCTTCTTCTGTCTCGCCAGGGAAGCCGACAATAAAGGTACTGCGTAGGGTCAGTTCCGGGCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGAACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGAATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTGCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAACGTAGTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTGCTTAACTGTTCGCACAGGCTGACCATGCTGGTTTTTACCGGCTCGCCGTTGTGGAAGCCAGTACGATGTTTAACATCAACGCCATAGGCGGAAGTATCCTGGCTGATCACCAGAATCTCTTTAACGCCCGCATCTACCAGACGTTTCGCTTCACTTAACACTTCGCCAATCGGACGGCTCACCAGGTCGCCGCGCATAGACGGAATAATGCAGAAGGTGCAGCGGTGATTACAGCCTTCAGAAATTTTCAGATAGGCATAATGACGCGGCGTCAGTTTCAC > CP042583/739969‑740530 ||| caccATCTGGAAATCTTCTGCTGTCTAGCCAGGGAAGCCGACAATAAAGGTTGAGCGTATGGTTAGTGCCGGGCAGATTTCGCGCCACTGTTTGATGCGCGCCAGTTGGCGATCTACAGGACCCGGACGCTTCATCAGTTTGAGGATGCGCGGGCTGGCGTGCTGCAACGGAATGTCCAGATACGGCAGGATTTTGCCTTCTGCCATCAGTGGGATGACGTCGTCCACATGCGGATAAGGGTAAAC‑‑‑GTGCAGACGTGTCCAGATCCCCAGTTTCGATAACTGTTCGca < 2:578273/285‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |